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12.6 : Suivi des maladies infectieuses - Biologie

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Objectifs d'apprentissage

  • Expliquer les approches de recherche utilisées par les pionniers de l'épidémiologie
  • Expliquer comment les études épidémiologiques descriptives, analytiques et expérimentales permettent de déterminer la cause de la morbidité et de la mortalité

L'épidémiologie a ses racines dans le travail des médecins qui ont recherché des modèles d'apparition de la maladie afin de comprendre comment la prévenir. L'idée que la maladie pouvait être transmise était un précurseur important pour donner un sens à certains des modèles. En 1546, Girolamo Fracastoro a proposé pour la première fois la théorie des germes de la maladie dans son essai De Contagione et Contagiosis Morbis, mais cette théorie est restée en concurrence avec d'autres théories, comme l'hypothèse des miasmes, pendant de nombreuses années. L'incertitude quant à la cause de la maladie n'était pas un obstacle absolu à l'obtention de connaissances utiles sur les schémas de la maladie. Certains chercheurs importants, comme Florence Nightingale, ont souscrit à l'hypothèse du miasme. La transition vers l'acceptation de la théorie des germes au cours du 19ème siècle a fourni une base mécaniste solide à l'étude des modèles de maladie. Les études de médecins et de chercheurs du XIXe siècle tels que John Snow, Florence Nightingale, Ignaz Semmelweis, Joseph Lister, Robert Koch, Louis Pasteur et d'autres ont semé les graines de l'épidémiologie moderne.

Pionniers de l'épidémiologie

John Snow (Figure (PageIndex{1})) était un médecin britannique connu comme le père de l'épidémiologie pour déterminer la source de l'épidémie de choléra de Broad Street en 1854 à Londres. Sur la base d'observations qu'il avait faites lors d'une précédente épidémie de choléra (1848-1849), Snow a suggéré que le choléra se propageait par une voie de transmission fécale-orale et qu'un microbe était l'agent infectieux. Il a enquêté sur l'épidémie de choléra de 1854 de deux manières. Tout d'abord, soupçonnant que l'eau contaminée était la source de l'épidémie, Snow a identifié la source d'eau pour les personnes infectées. Il a trouvé une fréquence élevée de cas de choléra chez les personnes qui s'approvisionnaient en eau dans la Tamise en aval de Londres. Cette eau contenait les déchets et les eaux usées de Londres et des colonies en amont. Il a également noté que les travailleurs de la brasserie n'avaient pas contracté le choléra et, après enquête, les propriétaires ont fourni aux travailleurs de la bière à boire et ont déclaré qu'ils ne buvaient probablement pas d'eau.1 Deuxièmement, il a également minutieusement cartographié l'incidence du choléra et a trouvé une fréquence élevée parmi les personnes utilisant une pompe à eau particulière située sur Broad Street. En réponse aux conseils de Snow, les autorités locales ont retiré la poignée de la pompe,2 entraînant l'endiguement de l'épidémie de choléra de Broad Street.

Les travaux de Snow représentent une étude épidémiologique précoce et ont abouti à la première réponse de santé publique connue à une épidémie. Les méthodes méticuleuses de suivi des cas de Snow sont désormais une pratique courante pour étudier les épidémies et associer de nouvelles maladies à leurs causes. Son travail a également mis en lumière les pratiques d'assainissement insalubres et les effets du déversement de déchets dans la Tamise. De plus, ses travaux ont soutenu la théorie des germes de la maladie, selon laquelle la maladie pourrait être transmise par des objets contaminés, y compris de l'eau contaminée par des matières fécales.

Les travaux de Snow ont illustré ce que l'on appelle aujourd'hui une propagation de source commune de maladies infectieuses, dans laquelle il existe une source unique pour tous les individus infectés. Dans ce cas, la seule source était le puits contaminé en dessous de la pompe de Broad Street. Les types de propagation de source commune incluent la propagation de source ponctuelle, la propagation de source commune continue et la propagation de source commune intermittente. Dans la propagation ponctuelle d'une maladie infectieuse, la source commune fonctionne pendant une courte période, inférieure à la période d'incubation de l'agent pathogène. Un exemple de propagation ponctuelle est une seule salade de pommes de terre contaminée lors d'un pique-nique de groupe. Dans une propagation continue de source commune, l'infection se produit pendant une période prolongée, plus longue que la période d'incubation. Un exemple de propagation continue d'une source commune serait la source d'eau de London prélevée en aval de la ville, qui était continuellement contaminée par les eaux usées en amont. Enfin, avec une propagation intermittente de source commune, les infections se produisent pendant une période, s'arrêtent, puis recommencent. Cela peut être observé dans les infections provenant d'un puits qui n'a été contaminé qu'après de fortes pluies et qui s'est débarrassé de la contamination après une courte période.

Contrairement à la propagation de source commune, la propagation se fait par contact direct ou indirect de personne à personne. Avec la propagation propagée, il n'y a pas de source unique d'infection ; chaque individu infecté devient une source pour une ou plusieurs infections ultérieures. Avec la propagation propagée, à moins que la propagation ne soit arrêtée immédiatement, les infections se produisent pendant plus longtemps que la période d'incubation. Bien que les sources ponctuelles conduisent souvent à des épidémies à grande échelle mais localisées de courte durée, la propagation propagée entraîne généralement des épidémies de plus longue durée qui peuvent varier de petites à grandes, selon la population et la maladie (Figure (PageIndex{2}) ). De plus, en raison de la transmission de personne à personne, la propagation propagée ne peut pas être facilement arrêtée à une seule source comme la propagation de source ponctuelle.

Le travail de Florence Nightingale est un autre exemple d'une étude épidémiologique précoce. En 1854, Nightingale faisait partie d'un contingent d'infirmières envoyé par l'armée britannique pour soigner les soldats blessés pendant la guerre de Crimée. Nightingale a tenu des dossiers méticuleux concernant les causes de maladie et de décès pendant la guerre. Sa tenue de dossiers était une tâche fondamentale de ce qui allait devenir plus tard la science de l'épidémiologie. Son analyse des données qu'elle a recueillies a été publiée en 1858. Dans ce livre, elle a présenté des données de fréquence mensuelles sur les causes de décès dans un histogramme en coin (Figure (PageIndex{3})). Cette présentation graphique des données, inhabituelle à l'époque, illustrait avec force que la grande majorité des victimes pendant la guerre étaient dues non pas à des blessures subies au combat, mais à ce que Nightingale considérait comme des maladies infectieuses évitables. Souvent, ces maladies sont survenues en raison d'un mauvais assainissement et du manque d'accès aux installations hospitalières. Les découvertes de Nightingale ont conduit à de nombreuses réformes du système de soins médicaux de l'armée britannique.

Joseph Lister a fourni des preuves épidémiologiques précoces menant à de bonnes pratiques de santé publique dans les cliniques et les hôpitaux. Ces milieux étaient connus au milieu des années 1800 pour les infections mortelles des plaies chirurgicales à une époque où la théorie des germes de la maladie n'était pas encore largement acceptée. La plupart des médecins ne se lavaient pas les mains entre les visites des patients ou ne nettoyaient pas et ne stérilisent pas leurs outils chirurgicaux. Lister, cependant, a découvert les propriétés désinfectantes de l'acide phénique, également connu sous le nom de phénol. Il a introduit plusieurs protocoles de désinfection qui ont considérablement réduit les taux d'infection post-chirurgicale.3 Il a exigé que les chirurgiens qui travaillaient pour lui utilisent une solution d'acide phénique à 5% pour nettoyer leurs outils chirurgicaux entre les patients, et est même allé jusqu'à vaporiser la solution sur les bandages et sur le site opératoire pendant les opérations (Figure (PageIndex{4 })). Il a également pris des précautions pour ne pas introduire de sources d'infection de sa peau ou de ses vêtements en enlevant son manteau, en retroussant ses manches et en se lavant les mains dans une solution diluée d'acide phénique avant et pendant la chirurgie.

Visitez le site Web pour La carte fantôme, un livre sur le travail de Snow lié à l'épidémie de choléra à la pompe de Broad Street.

Le propre compte rendu de John Snow sur son travail contient des liens et des informations supplémentaires.

Cette ressource CDC décompose davantage le modèle attendu d'une épidémie de source ponctuelle.

En savoir plus sur le graphique en coin de Nightingale ici.

Exercice (PageIndex{1})

  1. Expliquez la différence entre la propagation de source commune et la propagation propagée de la maladie.
  2. Décrivez comment les observations de John Snow, Florence Nightingale et Joseph Lister ont permis d'améliorer la santé publique.

Types d'études épidémiologiques

Aujourd'hui, les épidémiologistes utilisent des modèles d'étude, la manière dont les données sont recueillies pour tester une hypothèse, similaires à celles des chercheurs étudiant d'autres phénomènes qui se produisent dans les populations. Ces approches peuvent être divisées en études observationnelles (dans lesquelles les sujets ne sont pas manipulés) et en études expérimentales (dans lesquelles les sujets sont manipulés). Collectivement, ces études donnent aux épidémiologistes modernes de multiples outils pour explorer les liens entre les maladies infectieuses et les populations d'individus sensibles qu'ils pourraient infecter.

Études d'observation

Dans une étude observationnelle, les données sont recueillies auprès des participants à l'étude par le biais de mesures (telles que des variables physiologiques telles que le nombre de globules blancs) ou de réponses aux questions posées lors d'entretiens (telles que les voyages récents ou la fréquence d'exercice). Les sujets d'une étude observationnelle sont généralement choisis au hasard parmi une population d'individus affectés ou non. Cependant, les sujets d'une étude observationnelle ne sont en aucun cas manipulés par le chercheur. Les études observationnelles sont généralement plus faciles à réaliser que les études expérimentales et, dans certaines situations, elles peuvent être les seules études possibles pour des raisons éthiques.

Les études observationnelles ne peuvent mesurer que les associations entre l'apparition de la maladie et les agents responsables possibles ; ils ne prouvent pas nécessairement une relation causale. Par exemple, supposons qu'une étude trouve une association entre une forte consommation de café et une incidence plus faible de cancer de la peau. Cela pourrait suggérer que le café prévient le cancer de la peau, mais il peut y avoir un autre facteur non mesuré impliqué, tel que la quantité d'exposition au soleil que les participants reçoivent. S'il s'avère que les buveurs de café travaillent davantage dans les bureaux et passent moins de temps dehors au soleil que ceux qui boivent moins de café, alors il est possible que le taux inférieur de cancer de la peau soit dû à une exposition moindre au soleil, et non à la consommation de café. L'étude observationnelle ne permet pas de distinguer ces deux causes potentielles.

Il existe plusieurs approches utiles dans les études observationnelles. Il s'agit notamment de méthodes classées en épidémiologie descriptive et épidémiologie analytique. L'épidémiologie descriptive recueille des informations sur une épidémie de maladie, les individus touchés et la façon dont la maladie s'est propagée au fil du temps dans une phase d'étude exploratoire. Ce type d'étude impliquera des entretiens avec les patients, leurs contacts et les membres de leur famille ; examen d'échantillons et de dossiers médicaux; et même des histoires de nourriture et de boissons consommées. Une telle étude pourrait être menée pendant que l'épidémie est toujours en cours. Des études descriptives pourraient servir de base à l'élaboration d'une hypothèse de causalité qui pourrait être testée par des études observationnelles et expérimentales plus rigoureuses.

L'épidémiologie analytique emploie des groupes d'individus soigneusement sélectionnés dans le but d'évaluer de manière plus convaincante les hypothèses sur les causes potentielles d'une épidémie. La sélection des cas est généralement faite au hasard, de sorte que les résultats ne sont pas biaisés en raison de certaines caractéristiques communes des participants à l'étude. Les études analytiques peuvent rassembler leurs données en remontant le temps (études rétrospectives) ou au fur et à mesure que les événements se déroulent dans le temps (études prospectives).

Les études rétrospectives recueillent des données du passé sur des cas actuels. Les données peuvent inclure des éléments tels que les antécédents médicaux, l'âge, le sexe ou les antécédents professionnels des personnes concernées. Ce type d'étude examine les associations entre les facteurs choisis ou disponibles pour le chercheur et l'apparition de la maladie.

Les études prospectives suivent les individus et surveillent leur état pathologique au cours de l'étude. Des données sur les caractéristiques des sujets d'étude et de leurs environnements sont recueillies au début et au cours de l'étude afin que les sujets qui tombent malades puissent être comparés à ceux qui ne le sont pas. Encore une fois, les chercheurs peuvent rechercher des associations entre l'état de la maladie et les variables mesurées au cours de l'étude pour faire la lumière sur les causes possibles.

Les études analytiques intègrent des groupes dans leurs conceptions pour aider à démêler les associations avec la maladie. Les approches des études analytiques en groupe comprennent les études de cohorte, les études cas-témoins et les études transversales. La méthode des cohortes examine des groupes d'individus (appelés cohortes) qui partagent une caractéristique particulière. Par exemple, une cohorte peut être constituée d'individus nés la même année et au même endroit ; ou il peut s'agir de personnes qui pratiquent ou évitent un comportement particulier, par exemple des fumeurs ou des non-fumeurs. Dans une étude de cohorte, les cohortes peuvent être suivies prospectivement ou étudiées rétrospectivement. Si une seule cohorte est suivie, alors les individus affectés sont comparés aux individus non affectés du même groupe. Les résultats de la maladie sont enregistrés et analysés pour tenter d'identifier les corrélations entre les caractéristiques des individus de la cohorte et l'incidence de la maladie. Les études de cohorte sont un moyen utile de déterminer les causes d'une maladie sans violer l'interdiction éthique d'exposer les sujets à un facteur de risque. Les cohortes sont généralement identifiées et définies en fonction de facteurs de risque présumés auxquels les individus ont déjà été exposés par leurs propres choix ou circonstances.

Les études cas-témoins sont généralement rétrospectives et comparent un groupe d'individus atteints d'une maladie à un groupe similaire d'individus sans maladie. Les études cas-témoins sont bien plus efficaces que les études de cohorte car les chercheurs peuvent délibérément sélectionner des sujets qui sont déjà atteints de la maladie au lieu d'attendre de voir quels sujets d'un échantillon aléatoire développeront une maladie.

Une étude transversale analyse des individus sélectionnés au hasard dans une population et compare les individus affectés par une maladie ou un état à ceux qui n'en sont pas affectés à un moment donné. Les sujets sont comparés pour rechercher des associations entre certaines variables mesurables et la maladie ou l'affection. Des études transversales sont également utilisées pour déterminer la prévalence d'une maladie.

Études expérimentales

L'épidémiologie expérimentale utilise des études de laboratoire ou cliniques dans lesquelles l'investigateur manipule les sujets de l'étude pour étudier les liens entre les maladies et les agents causatifs potentiels ou pour évaluer les traitements. Des exemples de traitements peuvent être l'administration d'un médicament, l'inclusion ou l'exclusion de différents aliments, l'exercice physique ou une intervention chirurgicale particulière. Des animaux ou des humains sont utilisés comme sujets de test. Parce que les études expérimentales impliquent la manipulation de sujets, elles sont généralement plus difficiles et parfois impossibles pour des raisons éthiques.

Les postulats de Koch nécessitent des interventions expérimentales pour déterminer l'agent causal d'une maladie. Contrairement aux études d'observation, les études expérimentales peuvent fournir des preuves solides à l'appui de la cause, car d'autres facteurs sont généralement maintenus constants lorsque le chercheur manipule le sujet. Les résultats d'un groupe recevant le traitement sont comparés aux résultats d'un groupe qui ne reçoit pas le traitement mais est traité de la même manière à tous les égards. Par exemple, un groupe peut recevoir un schéma thérapeutique d'un médicament administré sous forme de pilule, tandis que le groupe non traité reçoit un placebo (une pilule qui a le même aspect mais qui n'a pas d'ingrédient actif). Les deux groupes sont traités de la même manière que possible, à l'exception de l'administration du médicament. Parce que d'autres variables sont maintenues constantes dans les groupes traités et non traités, le chercheur est plus certain que tout changement dans le groupe traité est le résultat de la manipulation spécifique.

Les études expérimentales fournissent les preuves les plus solides de l'étiologie de la maladie, mais elles doivent également être conçues avec soin pour éliminer les effets subtils de biais. En règle générale, les études expérimentales avec des humains sont menées en double aveugle, ce qui signifie que ni les sujets ni les chercheurs ne savent qui est un cas de traitement et qui ne l'est pas. Cette conception supprime une cause bien connue de biais dans la recherche appelée effet placebo, dans laquelle la connaissance du traitement par le sujet ou le chercheur peut influencer les résultats.

Exercice (PageIndex{2})

  1. Décrire les avantages et les inconvénients des études observationnelles et des études expérimentales.
  2. Expliquez les façons dont des groupes de sujets peuvent être sélectionnés pour des études analytiques.

Concepts clés et résumé

  • Les premiers pionniers de l'épidémiologie tels que John Snow, Florence Nightingale et Joseph Lister ont étudié la maladie au niveau de la population et utilisé des données pour perturber la transmission de la maladie.
  • Épidémiologie descriptive les études s'appuient sur l'analyse de cas et les antécédents des patients pour obtenir des informations sur les épidémies, fréquemment alors qu'elles se produisent encore.
  • Épidémiologie rétrospective les études utilisent des données historiques pour identifier les associations avec l'état de la maladie des cas actuels. Épidémiologie prospective les études recueillent des données et suivent les cas pour trouver des associations avec des états pathologiques futurs.
  • Épidémiologie analytique Les études sont des études d'observation soigneusement conçues pour comparer des groupes et découvrir des associations entre les facteurs environnementaux ou génétiques et les maladies.
  • Épidémiologie expérimentale les études génèrent des preuves solides de causalité dans la maladie ou le traitement en manipulant des sujets et en les comparant avec des sujets témoins.
  1. Jean Neige. Sur le mode de communication du choléra. Deuxième édition, très augmentée. John Churchill, 1855.
  2. Jean Neige. « Le choléra près de Golden-Wquare et à Deptford. Medical Times et Gazette 9 (1854) : 321-322. http://www.ph.ucla.edu/epi/snow/chol...densquare.html.
  3. O.M. Lidwell. « Joseph Lister et l'infection par l'air. » Épidémiologie et infection 99 (1987) : 569-578. www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/arti...00006-0004.pdf.

Les conséquences d'une approche DMV pour les maladies infectieuses

L'un des thèmes récurrents que je réitère lorsqu'il s'agit de toute urgence de maladie infectieuse à laquelle le monde est confronté est qu'une grande partie de l'expertise pour répondre à ces menaces en constante évolution réside dans les agences de santé publique. Ces agences varient en profondeur et en expertise du CDC à une extrémité du spectre à un service de santé local à l'autre. Bien que la gestion des maladies infectieuses soit vraiment la raison d'être de la santé publique et sont leur fonction principale et originale, les dernières décennies ont vu la mission d'exposition de l'agence de santé publique se glisser. Aujourd'hui, les agences de santé publique équilibrent souvent les demandes d'élaboration d'un plan de lutte contre l'obésité avec un plan de prévention de la propagation de la tuberculose. De telles distractions, à mon avis, de leur rôle fondamental dépriorisent les maladies infectieuses d'une manière risquée. Hier soir, j'ai obtenu une autre donnée que j'ai ajoutée pour étayer ma position.

En tant que personne qui a également suivi une formation en médecine d'urgence - en plus des maladies infectieuses et de la médecine des soins intensifs - j'essaie de garder la main sur le terrain avec quelques quarts de travail occasionnels au service des urgences de l'hôpital de ma ville natale. En tant que médecin spécialiste des maladies infectieuses, cependant, je suis toujours à la recherche de cas intéressants de maladies infectieuses que je peux sélectionner parmi la myriade de plaintes qui amènent les gens aux urgences.

Hier, j'ai eu cette opportunité lorsque j'ai vu un patient récemment revenu d'une région du monde chargée de Zika qui présentait des symptômes tout à fait compatibles avec Zika. Le cas n'était pas compliqué et sera probablement auto-limité, comme le sont la plupart des cas de Zika. Mais, toujours conscient de l'importance épidémiologique du diagnostic de certaines maladies infectieuses, je pensais que le patient méritait des tests de confirmation. De tels tests relèvent en grande partie du département de la santé de l'État (bien que des tests commerciaux soient disponibles) et, à cause de cela, nécessitent une consultation pour organiser les tests.

Parce que c'était après les heures (les maladies infectieuses ne sont généralement pas seulement 9-5 agents pathogènes), j'étais comme on pouvait s'y attendre frustré par la réponse sanitaire du département d'État car il a fallu un certain temps pour atteindre une personne qui pouvait "autoriser" le test, qui était effectué presque exclusivement à des fins de santé publique, car mon traitement du patient ne serait pas affecté par le résultat du test. Inutile de dire qu'une enquête après les heures d'ouverture dans laquelle il faut naviguer et rebondir entre des numéros de téléphone avec des messages enregistrés et un service de réponse incapable de comprendre ou de trier efficacement les besoins d'un appelant est à l'opposé de la réponse agile nécessaire pour gérer avec compétence les urgences liées aux maladies infectieuses . C'est ce que l'on attend du DMV.

À son honneur, j'ai reçu les informations nécessaires de la part du personnel professionnel et compétent du service de santé, mais je dirais que les difficultés que j'ai eues à essayer d'obtenir ces informations sont probablement quelque chose que de nombreux médecins ne supporteraient pas - une situation dangereuse qui limite la capacité d'avoir pleine connaissance de la situation des maladies infectieuses en circulation. Je suis un partisan sans équivoque de la déclaration des maladies infectieuses avec l'importance requise et je ne peux qu'imaginer combien de prestataires de soins de santé ne souhaitent naturellement pas parcourir les processus bureaucratiques nécessaires pour s'assurer que les tests et la notification appropriés ont lieu. Il suffit donc de dire que les rapports de cas de Zika aux États-Unis sont probablement sous-estimés.

J'aimerais penser que ce phénomène ne se produirait pas si facilement si l'orientation initiale du département restait intacte et que ses ressources n'étaient pas dispersées si loin de leur mission d'origine en matière de maladies infectieuses.


NGS pour les maladies infectieuses

NGS propose des solutions puissantes et complètes pour la détection et la caractérisation des maladies infectieuses

Génomique dans les maladies infectieuses

La génomique transforme notre compréhension des maladies infectieuses, de l'évolution des agents pathogènes, de la transmission des maladies, des interactions hôte-pathogène et de la résistance aux antibiotiques. À leur tour, les professionnels de la santé publique modifient les méthodes qu'ils utilisent pour rechercher et surveiller les épidémies et les pandémies de maladies infectieuses très médiatisées telles que la grippe, la tuberculose, Ebola et, plus récemment, le coronavirus.

Les méthodes traditionnelles d'évaluation des agents infectieux comprennent les tests basés sur les anticorps, la PCR en temps réel, l'électrophorèse sur gel en champ pulsé et le typage de séquences multilocus. Ces méthodes ne sont généralement utiles que pour un nombre restreint et défini d'organismes, et l'analyse des données peut être subjective. En revanche, le séquençage de nouvelle génération (NGS) fournit une méthode universelle et sans culture pour la caractérisation et la surveillance des maladies infectieuses qui peut être utilisée avec des virus, des bactéries, des champignons et des parasites, et peut remplacer le besoin de tests multiples.

NGS et la lutte contre le COVID-19

Séquençage du coronavirus

Comparez les méthodes NGS et trouvez des solutions pour détecter et caractériser le SRAS-CoV2, suivre les voies de transmission, identifier les co-infections et étudier les voies et l'évolution de la transmission virale.

Risque et réponse de l'hôte

Les études sur les différences génétiques de l'hôte et les réponses immunitaires individuelles aux maladies infectieuses telles que le SRAS-CoV-2 peuvent améliorer la compréhension de la susceptibilité et de la gravité de la maladie.

Interactions hôte-pathogène

NGS facilite les études de l'expression des gènes de l'hôte et du pathogène et l'influence du microbiome.

Découverte de médicaments et développement d'amp

Le NGS permet aux développeurs de médicaments d'explorer la variation génomique, ce qui peut éclairer l'identification, la validation et le développement clinique des cibles médicamenteuses.

Solutions NGS pour les agents pathogènes respiratoires

Détection et caractérisation métagénomiques des agents pathogènes respiratoires

La pandémie de COVID-19 a souligné le besoin de nouveaux outils pour détecter et surveiller les agents pathogènes émergents comme le SRAS-CoV-2. Avec le panel d'oligovirus respiratoires Illumina (RVOP), l'application d'analyse personnalisée Explify RVOP d'IDbyDNA fournit une solution de métagénomique échantillon-résultat.

Détecter les agents pathogènes respiratoires et les gènes de résistance associés

Flux de travail d'enrichissement rapide des cibles pour une large détection des agents pathogènes respiratoires (y compris les virus du SRAS-CoV-2 et de la grippe) et des gènes de résistance aux antimicrobiens.

Détectez rapidement les virus respiratoires sur le système Illumina MiniSeq

Détection de virus respiratoires dont le coronavirus en <24 heures à l'aide de NGS avec le séquenceur de paillasse MiniSeq.

Trouver et caractériser les virus respiratoires avec l'enrichissement de la cible

Un flux de travail de séquençage rapide d'enrichissement de cible pour la détection et la caractérisation hautement sensibles des virus respiratoires, y compris les souches COVID-19.

NGS pour la surveillance des maladies infectieuses

L'analyse génomique avec NGS fournit des informations à haute résolution pour distinguer les souches d'agents pathogènes qui diffèrent par aussi peu qu'un seul polymorphisme nucléotidique (SNP). Il permet également l'identification d'agents infectieux nouveaux et connus.

La technologie NGS fournit des résultats rapides et des données de haute qualité pour aider les scientifiques et les professionnels de la santé publique à identifier et à suivre les agents de maladies infectieuses et à répondre aux épidémies.

Comment la surveillance basée sur le séquençage aide à lutter contre le COVID-19

Le médecin-chef Phil Febbo, MD, explique comment les fonctionnaires suivent le chemin de l'épidémie et ce que cela signifie pour suivre la propagation des mutations virales.


Suivi des agents pathogènes zoonotiques en utilisant des mouches hématophages comme « seringues volantes »

Environ 60% des maladies infectieuses émergentes chez l'homme sont d'origine zoonotique. Leur nombre croissant nécessite le développement de nouvelles méthodes de détection précoce et de surveillance des agents infectieux chez la faune sauvage. Ici, nous avons cherché à savoir si les repas de sang de mouches hématophages pouvaient être utilisés pour identifier les agents infectieux circulant chez les vertébrés sauvages. A cet effet, 1230 mouches gorgées de sang ont été capturées dans les forêts gabonaises. Les repas de sang identifiés (30 %) provenaient de 20 espèces de vertébrés, dont des mammifères, des oiseaux et des reptiles. Parmi eux, 9 % étaient infectés par différents parasites du paludisme existants parmi lesquels certains appartenaient à des espèces de parasites connues, d'autres à de nouvelles espèces de parasites ou à des lignées de parasites dont seul le vecteur était connu. Cette étude démontre que l'utilisation de mouches hématophages comme « seringues volantes » constitue une approche intéressante pour étudier la diversité des agents pathogènes transmissibles par le sang chez les vertébrés sauvages et pourrait être utilisée comme outil de détection précoce des agents pathogènes zoonotiques.

Mots clés: Plasmodium parasites écologie épidémiologie santé globale mouches hématophages glossines.

Déclaration de conflit d'intérêts

Les auteurs déclarent qu'il n'existe pas d'intérêts concurrents.

Les figures

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Figure 1. Suivi de la diversité des hémosporidies des vertébrés à l'aide de mouches hématophages.

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Figure 2.. Nombre de repas de sang identifiés à l'aide du système PCR plus court de Boessenkool et…


Le partage rapide et sans restriction des données et des ressources de recherche est essentiel pour faire avancer la recherche sur la santé humaine et les maladies infectieuses. L'utilité des données et des ressources pour la communauté scientifique dépend en grande partie de la rapidité avec laquelle ces données sont déposées dans des bases de données publiques, si les données sont faciles à trouver, accessibles et peuvent être réutilisées par d'autres. Le NIAID s'engage à diffuser rapidement des données expérimentales, y compris des données génomiques et d'autres types de données à grande échelle, et reconnaît en outre que les données cliniques et autres métadonnées associées aux données génomiques, omiques et autres sont des ressources de recherche précieuses.

Le Consortium de biologie des systèmes NIAID/DMID pour les maladies infectieuses organise une série de webinaires mensuels pour partager l'expertise, les avancées technologiques et les percées scientifiques dans chacun des centres, et sert de plate-forme pour favoriser la collaboration et le partage des connaissances. Cette série de conférences comprend des membres du NIAID/DMID Systems Biology Consortium, du comité directeur, du NIAID et d'autres scientifiques invités. Des conférences mensuelles sont données par des scientifiques participants ou invités, allant de chercheurs seniors à des chercheurs étudiants diplômés.


12.6 : Suivi des maladies infectieuses - Biologie

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L'article de fond peut être soit un article de recherche original, une nouvelle étude de recherche substantielle qui implique souvent plusieurs techniques ou approches, ou un article de synthèse complet avec des mises à jour concises et précises sur les derniers progrès dans le domaine qui passe systématiquement en revue les avancées les plus passionnantes dans le domaine scientifique. Littérature. Ce type d'article donne un aperçu des orientations futures de la recherche ou des applications possibles.

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Épidémiologie des maladies infectieuses

L'objectif de la filière Maladies infectieuses est de s'appuyer sur le programme d'études de base en épidémiologie pour développer les connaissances requises en épidémiologie, méthodologie analytique et de laboratoire, immunologie et biologie des agents pathogènes nécessaires pour comprendre les interactions des agents infectieux et de leurs hôtes, vecteurs et environnement.

Le corps professoral et les étudiants examinent la meilleure façon d'identifier et de mesurer les infections, de comprendre la dynamique de transmission et d'élaborer et d'évaluer des programmes de prévention et de traitement des maladies infectieuses émergentes et établies telles que le VIH/sida, le virus de l'hépatite C, le virus du papillome humain, le paludisme, la rougeole, la tuberculose, la grippe et la dengue hémorragique.

Les étudiants du programme bénéficient de cours de microbiologie et d'immunologie, de méthodes épidémiologiques et d'analyses statistiques, ainsi que du large éventail de cours sur les maladies infectieuses proposés au département d'épidémiologie et dans d'autres départements de l'école. Les étudiants ont la possibilité de participer à des projets locaux et internationaux supervisés par des professeurs au sein de l'épidémiologie des maladies infectieuses.


Virus lymphomatique à cellules T

Les virus lymphomatiques à cellules T sont le premier rétrovirus humain découvert. Il appartient à la classe des Lentivirus. La plupart des patients atteints de ce virus ont plus de chances de développer une leucémie. Certaines personnes peuvent développer des maladies infectieuses ou d'autres troubles inflammatoires. Les symptômes comprennent une faiblesse, un engourdissement et une raideur dans les jambes, des difficultés à marcher et une inflammation des yeux. Le risque d'infection survient chez les personnes qui s'injectent à plusieurs reprises. Certaines personnes peuvent développer l'infection par contact sexuel avec les utilisateurs d'injection. Le virus est lié à des troubles neurodégénératifs.

Revues connexes du virus lymphatique des cellules T

Journal de bactériologie, Journal clinique des maladies infectieuses, Journal d'immunologie, Journal des maladies neuro-infectieuses, Journal des maladies infectieuses, Journal de pathologie, Lymphome clinique, Myélome et leucémie, Journal des leucémies et lymphomes, Leucémie et lymphome.


Application Conditions

  • Conditions générales de candidature pour les diplômés de l'UCF
  • Un relevé de notes officiel (dans une enveloppe scellée) de chaque collège/université fréquenté
  • Score GRE officiel et compétitif obtenu au cours des cinq dernières années ou score MCAT obtenu au cours des trois dernières années
  • Trois lettres de recommandation
  • Une déclaration écrite de l'expérience de recherche, du domaine d'intérêt et des objectifs immédiats et à long terme
  • Reprendre
  • TOEFL minimum (le cas échéant)

Les candidats n'ont pas besoin d'avoir un diplôme de premier cycle en biologie moléculaire ou en microbiologie, mais doivent avoir l'équivalent de 16 heures-semestre de crédit en sciences biologiques, y compris un cours de microbiologie générale, de biochimie ou de biologie moléculaire ou de biologie cellulaire, plus un an de chimie organique , un an de physique, mathématiques et statistiques universitaires de base, et des compétences en laboratoire équivalentes au minimum requis de nos propres étudiants de premier cycle.

Finances

*Les étudiants sans thèse ne sont pas pris en compte pour les assistanats aux cycles supérieurs ou l'aide aux frais de scolarité.


Maladies infectieuses et vaccinologie

L'étude des maladies infectieuses se concentre sur les interactions entre les agents infectieux, leurs hôtes et l'environnement qui peuvent conduire à des maladies chez l'homme. Nous créons des opportunités pour les étudiants d'acquérir des connaissances nouvelles et avancées sur les agents de maladies infectieuses et leur interaction avec les cellules hôtes, les populations humaines et l'environnement.

Students learn how to design and implement independent investigations using interdisciplinary approaches. The goal is to promote public health through better understanding of infectious diseases and human immunology based on the interaction of basic and translational research that contributes to the development of new diagnostics, treatment, prevention, and the control of human infectious diseases.

Infectious Diseases and Immunity

This wet lab infectious disease research program focuses on immune response, vaccine development and microbiome research. We emphasize integrated multidisciplinary training and multiple areas of inquiry, including the biology of host-pathogen interactions, the ecology of disease agents, molecular and cellular aspects of pathogenesis, and surveillance and epidemiological analysis, as well as vaccine and disease prevention and control.

Infectious Diseases and Vaccinology

In this multidisciplinary program, we train students to understand the interactions between infectious diseases, their hosts and the environment that may lead to the spread of disease. Topics include the biology of host-pathogen interactions, host immune response to infection, the evolution and transmission of infectious agents, and laboratory methods of infectious disease surveillance.


Voir la vidéo: 12. Tartuntataudit osa 2 (Janvier 2023).