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Quelle est la signification des points et des tirets dans clustalw ?

Quelle est la signification des points et des tirets dans clustalw ?


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Je convertis les sorties au format stockholm en clustalw en utilisant

Bio::AlignIO->new(-file => "$ARGV[0]", -format => "stockholm"); et Bio::AlignIO ->new (-format =>'clustalw');

j'utilise aussi

my $new=$aln->remove_columns(['all_gaps_columns'],'.');

et a obtenu une sortie comme

head1 ----------------.GG-.-gggaguggugugguacgaaugUGGCCUCUGC-----A head2 GGGGGUGUAGCUCAGU.GGU.A… GAGCGGAUGCUUUGCA

Quelle est la signification des points et des tirets ? Est-ce naturel dans une sortie clustalw ? Est-ce que je reçois un bug ?

Je n'ai pas pu trouver les séquences que j'ai utilisées dans le message d'origine mais ces deux présentent un motif similaire. Ce sont des séquences d'ARN, y compris des pseudogènes, il y a donc beaucoup de séquences palindromiques.

# STOCKHOLM 1.0 #=GF AU Infernal 1.1.1 head1 --------UGGAGAAU.G--.-ugggcguc.gaucccacUUCCUCUCGCAUGCUAA… GCGAGC-gcucuaccacuugagcuaauucccc-… -------------… #=GR tête1 PP… 89999988.4… 6789****.********999******************… ******.79999999866665555555554444… tête2 -- ------UGGAGAAU.---.-gcgggcaucgaucccgcUUCCUCUCGCAUGCUAA… GCGAGCG… -… -------------cucuaccauu… #=GR head2 PP… 89999887… 46789******* *****9999*************… *****86… 4555666666… CLUSTAL W (1,81) tête d'alignement de séquences multiples1 --------UGGAGAAU.G- -.-ugggcguc.gaucccacUUCCUCUCGCAUGCUAA… head2 --------UGGAGAAU.---.-gcgggcaucgaucccgcUUCCUCUCGCAUGCUAA…

Comme WYSIWYG le mentionne dans les commentaires, les tirets signifient généralement qu'il y a des lacunes dans l'alignement à la suite d'un événement indel. Les points sont utilisés pour montrer spécifiquement les mutations ponctuelles où les propriétés biochimiques sont principalement conservées, mais le résidu a changé.


De la question d'origine, sans rapport avec la question telle qu'elle est.

Vous avez raison de dire que ce n'est pas un bon alignement, mais je ne suis pas sûr que ce soit un bug. Ce que vous avez semble être l'alignement d'une séquence de nucléotides qui a horriblement mal tourné.

À première vue, sans plus de détails, je dirais qu'il ne semble pas que vous ayez installé clustalw correctement ou que vous ayez pointé votre bioperl dessus. D'après la documentation, voici les problèmes courants :

  1. Assurez-vous que l'exécutable clustalw se trouve dans votre chemin afin que clustalw renvoie un exécutable clustalw sur votre système.

  2. Définissez une variable d'environnement CLUSTALDIR qui est un répertoire qui contient l'application 'clustalw' : En bash :

    export CLUSTALDIR=/home/nom d'utilisateur/clustalw1.8

    En csh/tcsh :

    setenv CLUSTALDIR /home/nom d'utilisateur/clustalw1.8

  3. Incluez une définition d'une variable d'environnement CLUSTALDIR dans chaque script qui utilisera ce module wrapper Clustalw, par exemple :

    BEGIN { $ENV{CLUSTALDIR} = '/home/username/clustalw1.8/' } use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;

À moins que vous ne fassiez d'énormes quantités d'alignement de séquences, le serveur Web clustalW2 est plus rapide, plus sensible et beaucoup plus facile à utiliser.


Sur la base de la modification que vous avez apportée à votre opération, les points sont présents dans votre alignement initial de Stockholm et sont simplement copiés dans la nouvelle sortie clustal.

Quelle est la source de votre alignement pour commencer? Je suppose que vous sélectionnez des lignes individuelles à partir d'un alignement plus large, étant donné la distribution étrange des écarts. Cela pourrait vous donner une idée de la signification réelle des points (les tirets sont presque toujours des espaces).

De plus, juste pour info, si vous voulez qu'un outil de ligne de commande effectue la conversion pour vous, j'ai un module python3 appelé SeqBuddy qui fonctionnera très bien. Vous aurez cependant besoin de BioPython en tant que dépendance.

$: python3 SeqBuddy.py input.stockholm -sf clustal > output.clustal

Définition et exemple de la structure de Lewis

Todd Helmenstine / sciencenotes.org / Domaine public

  • Chimie
    • Lois chimiques
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    • Tableau périodique
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    • La chimie au quotidien
    • Chimistes célèbres
    • Activités pour les enfants
    • Abréviations et acronymes
    • Ph.D., Sciences biomédicales, Université du Tennessee à Knoxville
    • B.A., Physique et Mathématiques, Hastings College

    Les structures de Lewis portent de nombreux noms, y compris les structures de points d'électrons de Lewis, les diagrammes de points de Lewis et les structures de points d'électrons. Tous ces noms renvoient au même genre de diagramme, qui est destiné à montrer les emplacements des liaisons et des paires d'électrons.

    Points clés à retenir : structure de Lewis

    • Une structure de Lewis est un diagramme qui montre les liaisons covalentes et les paires d'électrons isolés dans une molécule.
    • Les structures de Lewis sont basées sur la règle de l'octet.
    • Bien que les structures de Lewis soient utiles pour décrire les liaisons chimiques, elles sont limitées en ce qu'elles ne tiennent pas compte de l'aromaticité et ne décrivent pas avec précision le comportement magnétique.

    Pourquoi voyons-nous les tirets comme une ligne ?

    Proximité et similarité. Le fait que nous percevions une série de tirets ou de points comme une ligne continue est remarquable en soi. Les psychologues de la Gestalt ont identifié quelques principes d'organisation perceptive pour expliquer cela. Ils ont dit que lorsque les éléments visuels sont placés près les uns des autres, comme le sont les marques individuelles dans une ligne pointillée, nous les percevons comme un groupe. Il en va de même pour les éléments de taille et de forme similaires.

    Bonne Continuité. La règle perceptive d'une bonne continuité peut également contribuer à notre perception des tirets et des points rapprochés comme une ligne. Il déclare que nous avons une tendance innée à percevoir une ligne comme continuant dans sa direction établie.

    C'est prétentieux. Cette organisation perceptive se produit avant notre prise de conscience à un moment de la vision précoce connu sous le nom de traitement préattentif. Le traitement préattentif nous donne une idée de ce qui se passe et de ce qui est important avant la prise de conscience, accélérant la compréhension d'un message visuel.


    Contenu

    Il existe plusieurs façons de fabriquer des points quantiques. Les méthodes possibles comprennent la synthèse colloïdale, l'auto-assemblage et la synchronisation électrique.

    Synthèse colloïdale Modifier

    Les nanocristaux semi-conducteurs colloïdaux sont synthétisés à partir de solutions, tout comme les processus chimiques traditionnels. La principale différence est que le produit ne précipite pas sous forme de solide en vrac et ne reste pas dissous. [5] En chauffant la solution à haute température, les précurseurs se décomposent en formant des monomères qui nucléent alors et génèrent des nanocristaux. La température est un facteur critique dans la détermination des conditions optimales pour la croissance des nanocristaux. Elle doit être suffisamment élevée pour permettre le réarrangement et le recuit des atomes pendant le processus de synthèse tout en étant suffisamment faible pour favoriser la croissance cristalline. La concentration de monomères est un autre facteur critique qui doit être rigoureusement contrôlé pendant la croissance des nanocristaux. Le processus de croissance des nanocristaux peut se produire dans deux régimes différents, "focalisation" et "défocalisation". À des concentrations élevées de monomères, la taille critique (la taille où les nanocristaux ne croissent ni ne rétrécissent) est relativement petite, ce qui entraîne la croissance de presque toutes les particules. Dans ce régime, les particules plus petites croissent plus vite que les grosses (puisque les cristaux plus gros ont besoin de plus d'atomes pour croître que les petits cristaux), ce qui entraîne la distribution de la taille se concentrer, donnant une distribution improbable de particules presque monodispersées. La focalisation en taille est optimale lorsque la concentration en monomère est maintenue de telle sorte que la taille moyenne des nanocristaux présents soit toujours légèrement supérieure à la taille critique. Au fil du temps, la concentration en monomère diminue, la taille critique devient supérieure à la taille moyenne présente et la distribution défocalise.

    Il existe des méthodes colloïdales pour produire de nombreux semi-conducteurs différents. Les points typiques sont constitués de composés binaires tels que le sulfure de plomb, le séléniure de plomb, le séléniure de cadmium, le sulfure de cadmium, le tellurure de cadmium, l'arséniure d'indium et le phosphure d'indium. Les points peuvent également être fabriqués à partir de composés ternaires tels que le sulfure de séléniure de cadmium. De plus, des progrès récents ont été réalisés qui permettent la synthèse de points quantiques de pérovskite colloïdale. [20] Ces boîtes quantiques peuvent contenir aussi peu que 100 à 100 000 atomes dans le volume de la boîte quantique, avec un diamètre de ≈10 à 50 atomes. Cela correspond à environ 2 à 10 nanomètres, et à 10 nm de diamètre, près de 3 millions de points quantiques pourraient être alignés bout à bout et tenir dans la largeur d'un pouce humain.

    De grands lots de points quantiques peuvent être synthétisés par synthèse colloïdale. En raison de cette évolutivité et de la commodité des conditions de paillasse, les méthodes de synthèse colloïdale sont prometteuses pour les applications commerciales.

    Synthèse plasma Modifier

    La synthèse du plasma a évolué pour devenir l'une des approches en phase gazeuse les plus populaires pour la production de points quantiques, en particulier ceux avec des liaisons covalentes. [21] [22] [23] Par exemple, les points quantiques de silicium (Si) et de germanium (Ge) ont été synthétisés en utilisant un plasma non thermique. La taille, la forme, la surface et la composition des points quantiques peuvent toutes être contrôlées dans un plasma non thermique. [24] [25] Le dopage qui semble assez difficile pour les points quantiques a également été réalisé dans la synthèse de plasma. [26] [27] [28] Les points quantiques synthétisés par plasma se présentent généralement sous forme de poudre, pour laquelle une modification de surface peut être effectuée. Cela peut conduire à une excellente dispersion des points quantiques dans des solvants organiques [29] ou dans l'eau [30] (c'est-à-dire des points quantiques colloïdaux).

    Fabrication Modifier

    • Les points quantiques auto-assemblés ont généralement une taille comprise entre 5 et 50 nm. Les points quantiques définis par des électrodes de grille à motifs lithographiques ou par gravure sur des gaz d'électrons bidimensionnels dans des hétérostructures semi-conductrices peuvent avoir des dimensions latérales comprises entre 20 et 100 nm.
    • Certains points quantiques sont de petites régions d'un matériau enfoui dans un autre avec une plus grande bande interdite. Il peut s'agir de structures dites noyau-enveloppe, par exemple avec du CdSe dans le noyau et du ZnS dans l'enveloppe, ou à partir de formes spéciales de silice appelées ormosil. Les coques sous-monocouches peuvent également être des moyens efficaces de passiver les points quantiques, tels que les cœurs PbS avec des coques CdS sous-monocouches. [31]
    • Les points quantiques se produisent parfois spontanément dans les structures de puits quantiques en raison des fluctuations de la monocouche dans l'épaisseur du puits.
    • Les points quantiques auto-assemblés nucléent spontanément dans certaines conditions au cours de l'épitaxie par faisceau moléculaire (MBE) et de l'épitaxie en phase vapeur organométallique (MOVPE), lorsqu'un matériau est cultivé sur un substrat auquel il n'est pas adapté au réseau. La contrainte résultante conduit à la formation d'îlots au-dessus d'une couche de mouillage bidimensionnelle. Ce mode de croissance est connu sous le nom de croissance de Stranski-Krastanov. [32] Les îles peuvent ensuite être enterrées pour former le point quantique. Un type largement utilisé de points quantiques cultivés avec cette méthode sont les points quantiques d'arséniure de gallium et d'indium (InGaAs) dans l'arséniure de gallium (GaAs). [33] Ces points quantiques ont le potentiel pour des applications dans la cryptographie quantique (c'est-à-dire les sources de photons uniques) et le calcul quantique. Les principales limitations de cette méthode sont le coût de fabrication et le manque de contrôle sur le positionnement des points individuels.
    • Des points quantiques individuels peuvent être créés à partir de gaz d'électrons ou de trous bidimensionnels présents dans des puits quantiques dopés à distance ou des hétérostructures semi-conductrices appelées points quantiques latéraux. La surface de l'échantillon est recouverte d'une fine couche de résine. Un motif latéral est ensuite défini dans la réserve par lithographie par faisceau d'électrons. Ce motif peut ensuite être transféré au gaz d'électrons ou de trous par gravure, ou par dépôt d'électrodes métalliques (procédé lift-off) qui permettent l'application de tensions externes entre le gaz d'électrons et les électrodes. De tels points quantiques sont principalement intéressants pour les expériences et les applications impliquant le transport d'électrons ou de trous, c'est-à-dire un courant électrique.
    • Le spectre d'énergie d'une boîte quantique peut être conçu en contrôlant la taille géométrique, la forme et la force du potentiel de confinement. Aussi, contrairement aux atomes, il est relativement facile de connecter des points quantiques par des barrières tunnel à des conducteurs conducteurs, ce qui permet l'application des techniques de spectroscopie tunnel pour leur investigation.

    Les caractéristiques d'absorption des points quantiques correspondent à des transitions entre des particules tridimensionnelles discrètes dans des états de boîte de l'électron et du trou, tous deux confinés dans la même boîte de taille nanométrique. Ces transitions discrètes rappellent les spectres atomiques et ont donné lieu à des points quantiques également appelés atomes artificiels. [34]

    • Le confinement dans les points quantiques peut également provenir de potentiels électrostatiques (générés par des électrodes externes, du dopage, des contraintes ou des impuretés). La technologie peut être utilisée pour fabriquer des points quantiques en silicium. Les transistors CMOS ultra petits (L = 20 nm, W = 20 nm) se comportent comme des points quantiques à électron unique lorsqu'ils fonctionnent à une température cryogénique sur une plage de -269 °C (4 K) à environ -258 °C (15 K). Le transistor affiche un blocage de Coulomb dû à la charge progressive des électrons (trous) un par un. Le nombre d'électrons (trous) confinés dans le canal est déterminé par la tension de grille, à partir d'une occupation de zéro électrons (trous), et il peut être réglé sur 1 ou plusieurs. [35]

    Assemblage viral Modifier

    Les virus bactériophages M13 génétiquement modifiés permettent la préparation de structures biocomposites à points quantiques. [36] Il avait déjà été démontré que les virus génétiquement modifiés peuvent reconnaître des surfaces semi-conductrices spécifiques grâce à la méthode de sélection par phage display combinatoire. [37] De plus, il est connu que les structures cristallines liquides des virus de type sauvage (Fd, M13 et TMV) sont ajustables en contrôlant les concentrations de la solution, la force ionique de la solution et le champ magnétique externe appliqué aux solutions. Par conséquent, les propriétés de reconnaissance spécifiques du virus peuvent être utilisées pour organiser des nanocristaux inorganiques, formant des réseaux ordonnés sur l'échelle de longueur définie par la formation de cristaux liquides. En utilisant ces informations, Lee et al. (2000) ont pu créer des films auto-assemblés, hautement orientés et autoportants à partir d'une solution de précurseur de phage et de ZnS. Ce système leur a permis de faire varier à la fois la longueur du bactériophage et le type de matériel inorganique par modification génétique et sélection.

    Assemblage électrochimique Modifier

    Des réseaux hautement ordonnés de points quantiques peuvent également être auto-assemblés par des techniques électrochimiques. Un modèle est créé en provoquant une réaction ionique à une interface électrolyte-métal qui se traduit par l'assemblage spontané de nanostructures, y compris des points quantiques, sur le métal qui est ensuite utilisé comme masque pour mésagraver ces nanostructures sur un substrat choisi.

    Fabrication en vrac Modifier

    La fabrication de points quantiques repose sur un processus appelé double injection haute température qui a été mis à l'échelle par plusieurs entreprises pour des applications commerciales nécessitant de grandes quantités (des centaines de kilogrammes à des tonnes) de points quantiques. Cette méthode de production reproductible peut être appliquée à une large gamme de tailles et de compositions de points quantiques.

    La liaison dans certains points quantiques sans cadmium, tels que les points quantiques à base de III-V, est plus covalente que celle dans les matériaux II-VI, il est donc plus difficile de séparer la nucléation et la croissance des nanoparticules via une synthèse à double injection à haute température. Une méthode alternative de synthèse de points quantiques, le ensemencement moléculaire processus, fournit une voie reproductible à la production de points quantiques de haute qualité en grands volumes. Le procédé utilise des molécules identiques d'un composé moléculaire en tant que sites de nucléation pour la croissance des nanoparticules, évitant ainsi la nécessité d'une étape d'injection à haute température. La croissance des particules est maintenue par l'ajout périodique de précurseurs à des températures modérées jusqu'à ce que la granulométrie souhaitée soit atteinte. [38] Le processus d'ensemencement moléculaire ne se limite pas à la production de points quantiques sans cadmium, par exemple, le processus peut être utilisé pour synthétiser des lots de kilogrammes de points quantiques II-VI de haute qualité en quelques heures seulement.

    Une autre approche pour la production de masse de points quantiques colloïdaux peut être vue dans le transfert de la méthodologie bien connue de l'injection à chaud pour la synthèse à un système technique à flux continu. Les variations d'un lot à l'autre résultant des besoins au cours de la méthodologie mentionnée peuvent être surmontées en utilisant des composants techniques pour le mélange et la croissance ainsi que les ajustements de transport et de température. Pour la production de nanoparticules semi-conductrices à base de CdSe, cette méthode a été étudiée et adaptée à des quantités de production de kg par mois. Étant donné que l'utilisation de composants techniques permet un échange facile en ce qui concerne le débit et la taille maximum, il peut être encore amélioré jusqu'à des dizaines voire des centaines de kilogrammes. [39]

    En 2011, un consortium d'entreprises américaines et néerlandaises a signalé une étape importante dans la fabrication de points quantiques à grand volume en appliquant la méthode traditionnelle d'injection double à haute température à un système de flux. [40]

    Le 23 janvier 2013, Dow a conclu un accord de licence exclusif avec la société britannique Nanoco pour l'utilisation de sa méthode d'ensemencement moléculaire à basse température pour la fabrication en masse de points quantiques sans cadmium pour les écrans électroniques, et le 24 septembre 2014, Dow a commencé à travailler sur l'usine de production en Corée du Sud capable de produire suffisamment de points quantiques pour « des millions de téléviseurs et autres appareils sans cadmium, tels que des tablettes ». La production de masse devrait démarrer mi-2015. [41] Le 24 mars 2015, Dow a annoncé un accord de partenariat avec LG Electronics pour développer l'utilisation de points quantiques sans cadmium dans les écrans. [42]

    Points quantiques sans métaux lourds Modifier

    Dans de nombreuses régions du monde, il existe désormais une restriction ou une interdiction de l'utilisation de métaux lourds dans de nombreux articles ménagers, ce qui signifie que la plupart des points quantiques à base de cadmium sont inutilisables pour les applications de biens de consommation.

    Pour la viabilité commerciale, une gamme de points quantiques restreints et sans métaux lourds a été développée, montrant des émissions lumineuses dans la région visible et proche infrarouge du spectre et ayant des propriétés optiques similaires à celles des points quantiques CdSe. Parmi ces matériaux figurent InP/ZnS, CuInS/ZnS, Si, Ge et C.

    Les peptides font l'objet de recherches en tant que matériau potentiel pour les points quantiques. [43]

    Certains points quantiques présentent des risques pour la santé humaine et l'environnement dans certaines conditions. [44] [45] [46] Notamment, les études sur la toxicité des points quantiques se sont concentrées sur des particules contenant du cadmium et n'ont pas encore été démontrées dans des modèles animaux après un dosage physiologiquement pertinent. [46] Des études in vitro, basées sur des cultures cellulaires, sur la toxicité des points quantiques (QD) suggèrent que leur toxicité peut provenir de multiples facteurs, notamment leurs caractéristiques physico-chimiques (taille, forme, composition, groupes fonctionnels de surface et charges de surface) et leur environnement . L'évaluation de leur toxicité potentielle est complexe car ces facteurs incluent des propriétés telles que la taille QD, la charge, la concentration, la composition chimique, les ligands de coiffage, ainsi que leur stabilité oxydative, mécanique et photolytique. [44]

    De nombreuses études se sont concentrées sur le mécanisme de la cytotoxicité QD en utilisant des cultures de cellules modèles. Il a été démontré qu'après exposition au rayonnement ultraviolet ou oxydation par l'air, les QD CdSe libèrent des ions de cadmium libres provoquant la mort cellulaire. [47] Il a également été rapporté que les QD du groupe II-VI induisaient la formation d'espèces réactives de l'oxygène après exposition à la lumière, ce qui à son tour peut endommager les composants cellulaires tels que les protéines, les lipides et l'ADN. [48] ​​Certaines études ont également démontré que l'ajout d'une coquille de ZnS inhibe le processus des espèces réactives de l'oxygène dans les QD CdSe. Un autre aspect de la toxicité QD est qu'il existe, in vivo, des voies intracellulaires dépendantes de la taille qui concentrent ces particules dans des organites cellulaires inaccessibles par les ions métalliques, ce qui peut entraîner des modèles uniques de cytotoxicité par rapport à leurs ions métalliques constitutifs. [49] Les rapports de localisation QD dans le noyau cellulaire [50] présentent des modes supplémentaires de toxicité car ils peuvent induire une mutation de l'ADN, qui à son tour se propagera à travers la génération future de cellules, provoquant des maladies.

    Bien que la concentration de QD dans certains organites ait été rapportée dans des études in vivo utilisant des modèles animaux, aucune altération du comportement animal, du poids, des marqueurs hématologiques ou des dommages aux organes n'a été trouvée par analyse histologique ou biochimique. [51] Ces résultats ont conduit les scientifiques à croire que la dose intracellulaire est le facteur déterminant le plus important pour la toxicité QD. Par conséquent, les facteurs déterminant l'endocytose QD qui déterminent la concentration intracellulaire efficace, tels que la taille, la forme et la chimie de surface de QD, déterminent leur toxicité. L'excrétion de QDs par l'urine dans des modèles animaux a également été démontrée via l'injection de QDs CdSe coiffés de ZnS radiomarqués où la coquille du ligand a été marquée au 99m Tc. [52] Bien que plusieurs autres études aient conclu à la rétention des QD dans les niveaux cellulaires, [46] [53] l'exocytose des QD est encore peu étudiée dans la littérature.

    Bien que d'importants efforts de recherche aient élargi la compréhension de la toxicité des QD, il existe de grandes divergences dans la littérature, et des questions restent encore sans réponse. La diversité de cette classe de matériaux par rapport aux substances chimiques normales rend l'évaluation de leur toxicité très difficile. Comme leur toxicité peut également être dynamique en fonction de facteurs environnementaux tels que le niveau de pH, l'exposition à la lumière et le type de cellule, les méthodes traditionnelles d'évaluation de la toxicité des produits chimiques tels que la LD50 ne s'appliquent pas aux QD. Par conséquent, les chercheurs se concentrent sur l'introduction de nouvelles approches et l'adaptation des méthodes existantes pour inclure cette classe unique de matériaux. [46] En outre, de nouvelles stratégies pour concevoir des QD plus sûres sont toujours à l'étude par la communauté scientifique. Une nouveauté récente dans le domaine est la découverte des points quantiques de carbone, une nouvelle génération de nanoparticules optiquement actives potentiellement capables de remplacer les QDs semi-conducteurs, mais avec l'avantage d'une toxicité beaucoup plus faible.

    Dans les semi-conducteurs, l'absorption de la lumière conduit généralement à l'excitation d'un électron de la valence à la bande de conduction, laissant derrière lui un trou. L'électron et le trou peuvent se lier l'un à l'autre pour former un exciton. Lorsque cet exciton se recombine (c'est-à-dire que l'électron reprend son état fondamental), l'énergie de l'exciton peut être émise sous forme de lumière. C'est ce qu'on appelle la fluorescence. Dans un modèle simplifié, l'énergie du photon émis peut être comprise comme la somme de l'énergie de la bande interdite entre le niveau occupé le plus élevé et le niveau d'énergie inoccupé le plus bas, les énergies de confinement du trou et de l'électron excité, et l'énergie liée de l'exciton (la paire électron-trou) :

    Comme l'énergie de confinement dépend de la taille de la boîte quantique, le début d'absorption et l'émission de fluorescence peuvent être réglés en modifiant la taille de la boîte quantique lors de sa synthèse. Plus le point est gros, plus son début d'absorption et son spectre de fluorescence sont rouges (énergie inférieure). Inversement, les points plus petits absorbent et émettent une lumière plus bleue (énergie plus élevée). Articles récents dans Nanotechnologie et dans d'autres revues ont commencé à suggérer que la forme de la boîte quantique peut également être un facteur dans la coloration, mais jusqu'à présent, il n'y a pas assez d'informations disponibles. De plus, il a été montré [54] que la durée de vie de la fluorescence est déterminée par la taille de la boîte quantique. Les points plus gros ont des niveaux d'énergie plus rapprochés dans lesquels la paire électron-trou peut être piégée. Par conséquent, les paires électron-trou dans les points plus gros vivent plus longtemps, ce qui fait que les points plus gros affichent une durée de vie plus longue.

    Pour améliorer le rendement quantique de fluorescence, des points quantiques peuvent être fabriqués avec coquilles d'un matériau semi-conducteur à bande interdite plus large autour d'eux. L'amélioration est suggérée comme étant due à l'accès réduit des électrons et des trous aux voies de recombinaison de surface non radiatives dans certains cas, mais aussi à une recombinaison Auger réduite dans d'autres.

    Les boîtes quantiques sont particulièrement prometteuses pour les applications optiques en raison de leur coefficient d'extinction élevé. [55] Ils fonctionnent comme un transistor à un électron et montrent l'effet de blocage de Coulomb. Les points quantiques ont également été suggérés comme implémentations de qubits pour le traitement de l'information quantique [56] et comme éléments actifs pour la thermoélectrique. [57] [58] [59]

    Le réglage de la taille des points quantiques est intéressant pour de nombreuses applications potentielles. Par exemple, les points quantiques plus grands ont un plus grand décalage du spectre vers le rouge par rapport aux points plus petits et présentent des propriétés quantiques moins prononcées. À l'inverse, les particules plus petites permettent de profiter d'effets quantiques plus subtils.

    Étant de dimension zéro, les points quantiques ont une densité d'états plus élevée que les structures de dimension supérieure. En conséquence, ils ont des propriétés de transport et optiques supérieures. Ils ont des utilisations potentielles dans les lasers à diodes, les amplificateurs et les capteurs biologiques. Les points quantiques peuvent être excités dans un champ électromagnétique localement amélioré produit par des nanoparticules d'or, qui peuvent ensuite être observés à partir de la résonance plasmonique de surface dans le spectre d'excitation photoluminescent des nanocristaux (CdSe)ZnS. Les points quantiques de haute qualité sont bien adaptés aux applications de codage optique et de multiplexage en raison de leurs larges profils d'excitation et de leurs spectres d'émission étroits/symétriques. Les nouvelles générations de points quantiques ont un potentiel considérable pour l'étude des processus intracellulaires au niveau d'une molécule unique, l'imagerie cellulaire à haute résolution, l'observation in vivo à long terme du trafic cellulaire, le ciblage des tumeurs et le diagnostic.

    Les nanocristaux de CdSe sont des photosensibilisateurs triplet efficaces. [61] L'excitation laser de petites nanoparticules de CdSe permet l'extraction de l'énergie de l'état excité des points quantiques dans une solution en vrac, ouvrant ainsi la porte à un large éventail d'applications potentielles telles que la thérapie photodynamique, les dispositifs photovoltaïques, l'électronique moléculaire et la catalyse.

    Enregistrement sous-cutané Modifier

    En décembre 2019, Robert S. Langer et son équipe ont développé et breveté une technique permettant d'utiliser des patchs transdermiques pour étiqueter les personnes avec de l'encre invisible afin de stocker des informations médicales et autres par voie sous-cutanée. Cela a été présenté comme une aubaine pour les "pays en développement" où le manque d'infrastructures signifie l'absence de dossiers médicaux. [62] [63] La technologie, qui est attribuée au Massachusetts Institute of Technology, [63] utilise un "colorant à points quantiques qui est délivré, dans ce cas avec un vaccin, par un patch micro-aiguille." La recherche "a été financée par la Fondation Bill et Melinda Gates et le Koch Institute for Integrative Cancer Research". [62]

    Biologie Modifier

    Dans l'analyse biologique moderne, divers types de colorants organiques sont utilisés. Cependant, à mesure que la technologie progresse, une plus grande flexibilité de ces colorants est recherchée. [64] À cette fin, les points quantiques ont rapidement rempli le rôle, se révélant supérieurs aux colorants organiques traditionnels à plusieurs égards, l'un des plus immédiatement évidents étant la luminosité (en raison du coefficient d'extinction élevé combiné à un rendement quantique comparable aux colorants fluorescents [13] ) ainsi que leur stabilité (permettant beaucoup moins de photoblanchiment). [65] Il a été estimé que les points quantiques sont 20 fois plus lumineux et 100 fois plus stables que les reporters fluorescents traditionnels. [64] Pour le suivi d'une seule particule, le clignotement irrégulier des points quantiques est un inconvénient mineur. Cependant, il y a eu des groupes qui ont développé des points quantiques qui sont essentiellement non clignotants et ont démontré leur utilité dans des expériences de suivi de molécules uniques. [66] [67]

    L'utilisation de points quantiques pour l'imagerie cellulaire hautement sensible a connu des avancées majeures. [68] La photostabilité améliorée des points quantiques, par exemple, permet l'acquisition de nombreuses images de plan focal consécutives qui peuvent être reconstruites en une image tridimensionnelle à haute résolution. [69] Une autre application qui tire parti de l'extraordinaire photostabilité des sondes à points quantiques est le suivi en temps réel des molécules et des cellules sur de longues périodes de temps. [70] Les anticorps, la streptavidine, [71] les peptides, [72] l'ADN, [73] les aptamères d'acide nucléique, [74] ou les ligands à petites molécules [75] peuvent être utilisés pour cibler des points quantiques sur des protéines spécifiques sur les cellules. Les chercheurs ont pu observer des points quantiques dans les ganglions lymphatiques de souris pendant plus de 4 mois. [76]

    Les points quantiques peuvent avoir des propriétés antibactériennes similaires à celles des nanoparticules et peuvent tuer les bactéries de manière dose-dépendante. [77] Un mécanisme par lequel les points quantiques peuvent tuer les bactéries consiste à altérer les fonctions du système antioxydant dans les cellules et à réguler à la baisse les gènes antioxydants. De plus, les points quantiques peuvent endommager directement la paroi cellulaire. Les points quantiques se sont avérés efficaces contre les bactéries gram-positives et gram-négatives. [78]

    Les points quantiques semi-conducteurs ont également été utilisés pour l'imagerie in vitro de cellules pré-marquées. La capacité d'imager la migration unicellulaire en temps réel devrait être importante pour plusieurs domaines de recherche tels que l'embryogenèse, les métastases cancéreuses, la thérapie par cellules souches et l'immunologie des lymphocytes.

    Une application des points quantiques en biologie est en tant que fluorophores donneurs dans le transfert d'énergie par résonance de Förster, où le grand coefficient d'extinction et la pureté spectrale de ces fluorophores les rendent supérieurs aux fluorophores moléculaires [79] Il convient également de noter que la large absorbance des QD permet une l'excitation du donneur QD et une excitation minimale d'un accepteur de colorant dans les études basées sur le FRET. [80] L'applicabilité du modèle FRET, qui suppose que le Quantum Dot peut être approximé comme un point dipôle, a récemment été démontrée [81]

    L'utilisation de points quantiques pour le ciblage des tumeurs dans des conditions in vivo utilise deux schémas de ciblage : le ciblage actif et le ciblage passif. Dans le cas du ciblage actif, les points quantiques sont fonctionnalisés avec des sites de liaison spécifiques à la tumeur pour se lier sélectivement aux cellules tumorales. Le ciblage passif utilise la perméation et la rétention améliorées des cellules tumorales pour l'administration de sondes à points quantiques. Les cellules tumorales à croissance rapide ont généralement des membranes plus perméables que les cellules saines, ce qui permet la fuite de petites nanoparticules dans le corps cellulaire. De plus, les cellules tumorales manquent d'un système de drainage lymphatique efficace, ce qui conduit à une accumulation ultérieure de nanoparticules.

    Les sondes à points quantiques présentent une toxicité in vivo. Par exemple, les nanocristaux de CdSe sont hautement toxiques pour les cellules cultivées sous éclairage UV, car les particules se dissolvent, dans un processus connu sous le nom de photolyse, pour libérer des ions de cadmium toxiques dans le milieu de culture. En l'absence d'irradiation UV, cependant, les points quantiques avec un revêtement polymère stable se sont avérés essentiellement non toxiques. [76] [45] L'encapsulation d'hydrogel de points quantiques permet d'introduire des points quantiques dans une solution aqueuse stable, réduisant ainsi la possibilité de fuite de cadmium. Là encore, on sait peu de choses sur le processus d'excrétion des points quantiques des organismes vivants. [82]

    Dans une autre application potentielle, les points quantiques sont à l'étude en tant que fluorophore inorganique pour la détection peropératoire des tumeurs à l'aide de la spectroscopie de fluorescence.

    La livraison de points quantiques intacts au cytoplasme cellulaire a été un défi avec les techniques existantes. Les méthodes vectorielles ont entraîné l'agrégation et la séquestration endosomale des points quantiques tandis que l'électroporation peut endommager les particules semi-conductrices et agréger les points délivrés dans le cytosol. Via cell squeezing, quantum dots can be efficiently delivered without inducing aggregation, trapping material in endosomes, or significant loss of cell viability. Moreover, it has shown that individual quantum dots delivered by this approach are detectable in the cell cytosol, thus illustrating the potential of this technique for single molecule tracking studies. [83]

    Photovoltaic devices Edit

    The tunable absorption spectrum and high extinction coefficients of quantum dots make them attractive for light harvesting technologies such as photovoltaics. Quantum dots may be able to increase the efficiency and reduce the cost of today's typical silicon photovoltaic cells. According to an experimental report from 2004, [84] quantum dots of lead selenide can produce more than one exciton from one high energy photon via the process of carrier multiplication or multiple exciton generation (MEG). This compares favorably to today's photovoltaic cells which can only manage one exciton per high-energy photon, with high kinetic energy carriers losing their energy as heat. Quantum dot photovoltaics would theoretically be cheaper to manufacture, as they can be made using simple chemical reactions.

    Quantum dot only solar cells Edit

    Aromatic self-assembled monolayers (SAMs) (e.g. 4-nitrobenzoic acid) can be used to improve the band alignment at electrodes for better efficiencies. This technique has provided a record power conversion efficiency (PCE) of 10.7%. [85] The SAM is positioned between ZnO-PbS colloidal quantum dot (CQD) film junction to modify band alignment via the dipole moment of the constituent SAM molecule, and the band tuning may be modified via the density, dipole and the orientation of the SAM molecule. [85]

    Quantum dot in hybrid solar cells Edit

    Colloidal quantum dots are also used in inorganic/organic hybrid solar cells. These solar cells are attractive because of the potential for low-cost fabrication and relatively high efficiency. [86] Incorporation of metal oxides, such as ZnO, TiO2, and Nb2O5 nanomaterials into organic photovoltaics have been commercialized using full roll-to-roll processing. [86] A 13.2% power conversion efficiency is claimed in Si nanowire/PEDOT:PSS hybrid solar cells. [87]

    Quantum dot with nanowire in solar cells Edit

    Another potential use involves capped single-crystal ZnO nanowires with CdSe quantum dots, immersed in mercaptopropionic acid as hole transport medium in order to obtain a QD-sensitized solar cell. The morphology of the nanowires allowed the electrons to have a direct pathway to the photoanode. This form of solar cell exhibits 50–60% internal quantum efficiencies. [88]

    Nanowires with quantum dot coatings on silicon nanowires (SiNW) and carbon quantum dots. The use of SiNWs instead of planar silicon enhances the antiflection properties of Si. [89] The SiNW exhibits a light-trapping effect due to light trapping in the SiNW. This use of SiNWs in conjunction with carbon quantum dots resulted in a solar cell that reached 9.10% PCE. [89]

    Graphene quantum dots have also been blended with organic electronic materials to improve efficiency and lower cost in photovoltaic devices and organic light emitting diodes (OLEDs) in compared to graphene sheets. These graphene quantum dots were functionalized with organic ligands that experience photoluminescence from UV-Vis absorption. [90]

    Light emitting diodes Edit

    Several methods are proposed for using quantum dots to improve existing light-emitting diode (LED) design, including quantum dot light-emitting diode (QD-LED or QLED) displays, and quantum dot white-light-emitting diode (QD-WLED) displays. Because quantum dots naturally produce monochromatic light, they can be more efficient than light sources which must be color filtered. QD-LEDs can be fabricated on a silicon substrate, which allows them to be integrated onto standard silicon-based integrated circuits or microelectromechanical systems. [91]

    Quantum dot displays Edit

    Quantum dots are valued for displays because they emit light in very specific gaussian distributions. This can result in a display with visibly more accurate colors.

    A conventional color liquid crystal display (LCD) is usually backlit by fluorescent lamps (CCFLs) or conventional white LEDs that are color filtered to produce red, green, and blue pixels. Quantum dot displays use blue-emitting LEDs rather than white LEDs as the light sources. The converting part of the emitted light is converted into pure green and red light by the corresponding color quantum dots placed in front of the blue LED or using a quantum dot infused diffuser sheet in the backlight optical stack. Blank pixels are also used to allow the blue LED light to still generate blue hues. This type of white light as the backlight of an LCD panel allows for the best color gamut at lower cost than an RGB LED combination using three LEDs. [92]

    Another method by which quantum dot displays can be achieved is the electroluminescent (EL) or electro-emissive method. This involves embedding quantum dots in each individual pixel. These are then activated and controlled via an electric current application. [93] Since this is often light emitting itself, the achievable colors may be limited in this method. [94] Electro-emissive QD-LED TVs exist in laboratories only.

    The ability of QDs to precisely convert and tune a spectrum makes them attractive for LCD displays. Previous LCD displays can waste energy converting red-green poor, blue-yellow rich white light into a more balanced lighting. By using QDs, only the necessary colors for ideal images are contained in the screen. The result is a screen that is brighter, clearer, and more energy-efficient. The first commercial application of quantum dots was the Sony XBR X900A series of flat panel televisions released in 2013. [95]

    In June 2006, QD Vision announced technical success in making a proof-of-concept quantum dot display and show a bright emission in the visible and near infrared region of the spectrum. A QD-LED integrated at a scanning microscopy tip was used to demonstrate fluorescence near-field scanning optical microscopy (NSOM) imaging. [96]

    Photodetector devices Edit

    Quantum dot photodetectors (QDPs) can be fabricated either via solution-processing, [97] or from conventional single-crystalline semiconductors. [98] Conventional single-crystalline semiconductor QDPs are precluded from integration with flexible organic electronics due to the incompatibility of their growth conditions with the process windows required by organic semiconductors. On the other hand, solution-processed QDPs can be readily integrated with an almost infinite variety of substrates, and also postprocessed atop other integrated circuits. Such colloidal QDPs have potential applications in visible- and infrared-light cameras, [99] machine vision, industrial inspection, spectroscopy, and fluorescent biomedical imaging.

    Photocatalysts Edit

    Quantum dots also function as photocatalysts for the light driven chemical conversion of water into hydrogen as a pathway to solar fuel. In photocatalysis, electron hole pairs formed in the dot under band gap excitation drive redox reactions in the surrounding liquid. Generally, the photocatalytic activity of the dots is related to the particle size and its degree of quantum confinement. [100] This is because the band gap determines the chemical energy that is stored in the dot in the excited state. An obstacle for the use of quantum dots in photocatalysis is the presence of surfactants on the surface of the dots. These surfactants (or ligands) interfere with the chemical reactivity of the dots by slowing down mass transfer and electron transfer processes. Also, quantum dots made of metal chalcogenides are chemically unstable under oxidizing conditions and undergo photo corrosion reactions.

    Quantum dots are theoretically described as a point like, or a zero dimensional (0D) entity. Most of their properties depend on the dimensions, shape and materials of which QDs are made. Generally QDs present different thermodynamic properties from the bulk materials of which they are made. One of these effects is the Melting-point depression. Optical properties of spherical metallic QDs are well described by the Mie scattering theory.

    In a semiconductor crystallite whose size is smaller than twice the size of its exciton Bohr radius, the excitons are squeezed, leading to quantum confinement. The energy levels can then be predicted using the particle in a box model in which the energies of states depend on the length of the box. Comparing the quantum dot's size to the Bohr radius of the electron and hole wave functions, 3 regimes can be defined. A 'strong confinement regime' is defined as the quantum dots radius being smaller than both electron and hole Bohr radius, 'weak confinement' is given when the quantum dot is larger than both. For semiconductors in which electron and hole radii are markedly different, an 'intermediate confinement regime' exists, where the quantum dot's radius is larger than the Bohr radius of one charge carrier (typically the hole), but not the other charge carrier. [101]

    Therefore, the sum of these energies can be represented as:

    ?? is the reduced mass, une is the radius of the quantum dot, me is the free electron mass, mh is the hole mass, and ??r is the size-dependent dielectric constant.

    Although the above equations were derived using simplifying assumptions, they imply that the electronic transitions of the quantum dots will depend on their size. These quantum confinement effects are apparent only below the critical size. Larger particles do not exhibit this effect. This effect of quantum confinement on the quantum dots has been repeatedly verified experimentally [103] and is a key feature of many emerging electronic structures. [104]

    The Coulomb interaction between confined carriers can also be studied by numerical means when results unconstrained by asymptotic approximations are pursued. [105]

    Besides confinement in all three dimensions (i.e., a quantum dot), other quantum confined semiconductors include:

      , which confine electrons or holes in two spatial dimensions and allow free propagation in the third. , which confine electrons or holes in one dimension and allow free propagation in two dimensions.

    Models Edit

    A variety of theoretical frameworks exist to model optical, electronic, and structural properties of quantum dots. These may be broadly divided into quantum mechanical, semiclassical, and classical.

    Quantum mechanics Edit

    Quantum mechanical models and simulations of quantum dots often involve the interaction of electrons with a pseudopotential or random matrix. [106]

    Semiclassical Edit

    Semiclassical models of quantum dots frequently incorporate a chemical potential. For example, the thermodynamic chemical potential of an N-particle system is given by

    whose energy terms may be obtained as solutions of the Schrödinger equation. The definition of capacitance,

    with the potential difference

    may be applied to a quantum dot with the addition or removal of individual electrons,

    est le quantum capacitance of a quantum dot, where we denoted by I(N) the ionization potential and by A(N) the electron affinity of the N-particle system. [107]

    Classical mechanics Edit

    Classical models of electrostatic properties of electrons in quantum dots are similar in nature to the Thomson problem of optimally distributing electrons on a unit sphere.

    The classical electrostatic treatment of electrons confined to spherical quantum dots is similar to their treatment in the Thomson, [108] or plum pudding model, of the atom. [109]

    The classical treatment of both two-dimensional and three-dimensional quantum dots exhibit electron shell-filling behavior. A "periodic table of classical artificial atoms" has been described for two-dimensional quantum dots. [110] As well, several connections have been reported between the three-dimensional Thomson problem and electron shell-filling patterns found in naturally-occurring atoms found throughout the periodic table. [111] This latter work originated in classical electrostatic modeling of electrons in a spherical quantum dot represented by an ideal dielectric sphere. [112]

    Le terme quantum dot was coined in 1986. [113] They were first synthesized in a glass matrix by Alexey Ekimov in 1981 [114] [115] [116] [117] and in colloidal suspension [118] by Louis Brus in 1983. [119] [120] They were first theorized by Alexander Efros in 1982. [121]


    Punctuation: Not Separated at Birth: The Dash and the Hyphen (and Let's Add the Ellipsis for Fun)

    Punctuation

    The dash and the hyphen are like Arnold Schwarzenegger and Danny DeVito: confused so often they are taken for each other. But like these two fine actors, the dash and the hyphen are not the same, no sireee.

    • UNE trait d'union is one click on the keyboard: -
    • UNE tiret is two clicks on the keyboard: ?
    • An ellipsis is three spaced periods: ?

    Therefore, the dash is twice as long as the hyphen. That's not all the dash and hyphen have totally different uses. Not to mention the ellipsis.

    The Dash: Long and Lean

    Basically, the dash is used to show emphasis. Here's how:

    • Use a dash to show a sudden change of thought.
    • Exemple: An archaeologist?of course I don't mean you?is a person whose career lies in ruins.
    • Use a dash before a summary of what is stated in the sentence.
    • Exemple: Avoiding work, getting liposuction, becoming a finalist in the George Hamilton Cocoa Butter Open?everything depends on that trust fund.

    The Hyphen: Short and Sweet

    The hyphen, in contrast, is used to show a break in words.

    • Use a hyphen to show a word break at the end of a line.
    • Exemple: When you finish The Complete Idiot's Guide to Grammar and Style, Sec-
    • ond Edition, your written work will be as sharp as your appearance.
    Strictly Speaking

    You could make it through life fine and dandy without a dash, but you'd be the poorer for it. Like argyle socks, the dash shows flair and style. It creates rhythm and emphasis in your writing.

    • Use a hyphen in certain compound nouns.
    • Exemple: great-grandmother
    • Use hyphens in fractions and in compound numbers from twenty-one to ninety-nine.
    • Exemples: one-half, sixty-six

    The Ellipsis: Dot, Dot, Dot

    The ellipsis, in contrast, indicates a break in continuity.

    Danger, Will Robinson

    Don't use an ellipsis to show that words have been omitted from the beginning of a sentence. Just omit the words and keep right on going.


    Cal Newport

    The Fast and the Curious

    I’m currently taking a graduate seminar that assigns demanding articles of demanding length. Being somewhat busy, as I’ve mentioned before, I’ve recently been working to squeeze every last ounce of speed out of my note-taking habits. This has led me to a new note-taking approach I call the Morse Code Method. It’s engineered to be fast. Blazingly fast yet still be able to support the type of detailed comprehension needed to survive a three-hour, 10-person discussion-based seminar.

    Forget time for a moment. Your worst enemy when tackling a reading assignment is that weighty, sleep-inducing brain-drag that starts to grow over time, making concentration increasingly difficult. What brings this on? A big factor is halting your reading momentum. If you cease forward movement with your eyes so you can, for example, underline a few lines, or draw a bracket next to paragraph, or, dare I say it, highlight a sentence, it will require a large energy burst to get started once again. Too many such stops and starts and your brain will be fried.

    The Morse Code Method is based on the following idea: you should never stop reading until you’re done with the entire article.

    One continuous pass is the fastest, most energy-efficient possible way to get through a reading. It’s also the least painful.

    The Dot-Dash Notation

    This begs an obvious question: if you don’t stop your reading momentum, how do you make note of the important points? The answer is to deploy the following notation:

    1. If you come across a sentence that seems to be laying out a big, interesting idea: draw a quick dot next to it in the margin.
    2. If you come across an example or explanation that supports the previous big idea: draw a quick dash next to it in the margin.

    From experimentation, I’ve learned that these dots and dashes are small enough that you can record them without breaking your reading momentum. In the end, your article will be a sequence of dots and dashes (like a Morse Code message!), effectively breaking down the reading into a useful sequence: big idea!, support, support, big idea!, support, support, support…

    Once you’ve finished reading the tout article, it’s time to take notes. Review the sentences that you dotted and dashed. For the dots that still strike you as important, paraphrase the main idea in your notes, in your own words. (The paraphrase is key: it forces you to processes the idea in your brain, not just reproduce it like a photocopier). For each of the following dashes that still strikes you as important, paraphrase the example or explanation in a bullet point.

    Go quick. Don’t worry about typos. Ignore fancy formatting. Just get the ideas down. As fast as possible.

    Now for the final step. This will only take you an extra couple minutes, but it’s the crucial boost that will transform you from “reasonably familiar with the readings” to “class star”:

    • Reviewing what you just recorded in your notes, think for a moment about the following: What is the main question being asked in the article and what’s the conclusion the authors point toward? Record the question and conclusion in your notes.

    Now you’re done. Don’t skip this last step! It is here that you pull out the big picture ideas that will form the core of class discussions, papers, and exam essay questions.

    How This Compares to Classic Q/E/C Note-Taking

    Fans of Straight-A might wonder how the Morse Code Method compares to the classical Question/Evidence/Conclusion approach. The answer: it’s a variation. By having you read the article before identifying a question and conclusion, the Morse Code Method better handles complicated articles with subtle arguments. Also, by having you actually read — not just skim — every sentence, you’re better prepared for more detailed discussions. When deciding what tactic to deploy, choose based on the needs of the class.


    The dot-slash, ./ , is a relative path to something in the current directory.

    The dot is the current directory and the slash is a path delimiter.

    When you give the command touch ./a you say "run the touch utility with the argument ./a ", and touch will create (or update the timestamp for) the file a in the current directory.

    There is no difference between touch a and touch ./a as both commands will act on the thing called a in the current directory.

    In a similar way, touch ../a will act on the a in the directory above the current directory as .. refers to "one directory further up in the hierarchy".

    . and .. are two special directory names that are present in every directory on Unix systems.

    It's useful to be able to put ./ in front of a filename sometimes, as when you're trying to create or delete, or just work with, a file with a dash as the first character in its filename.


    Punctuation

    Punctuation can either clarify the written message or confuse its meaning. It pays to know how to use these small but powerful marks. Resist the temptation to punctuate according to guesswork. While careful use of punctuation enhances the meaning of what you write, idiosyncratic punctuation has the opposite effect.

    Accent

    Ampersand

    Commonly known as the and sign, the ampersand shouldn't be used as a replacement for et in reference to UO offices or policies. The ampersand may be used in the name of a nonuniversity business, such as an architecture, accounting, advertising, or law firm, if that is the standard procedure for that business.

    arts and sciences
    School of Journalism and Communication
    Department of Computer and Information Science
    mais
    AT&T
    the law offices of Morgan, Lewis & Bockius
    Wieden & Kennedy

    Apostrophe

    Of all punctuation marks, the apostrophe is the most abused. The most common misuses are inserting an apostrophe before the final s in a plural noun—where it doesn't belong—and omitting it from a possessive noun, where it does.

    Prizes are awarded. (ne pas Prize's are awarded.)
    Have you seen the book's cover? (ne pas Have you seen the books cover?)

    Plural Nouns

    Don't use apostrophes in plural nouns. This includes dates such as 1870s et années 90. The only time you need to use an apostrophe in forming a plural is to avoid ambiguity. For instance, if you're writing about letter grades, you may need the apostrophe to distinguish A's from the word Comme.

    ifs, ands, or buts
    dos and don'ts
    mais
    Make sure you dot your I's and cross your T's.

    Possessive Nouns

    Things as well as people can be possessive.

    a master's degree
    a month's pay
    d'aujourd'hui New York Times

    Plural Possessive Nouns

    In most cases, the possessive of plural nouns is formed by adding an apostrophe only (except for a few irregular plurals that do not end in s).

    the puppies' paws
    the Williamses' new house
    mais
    children's literature

    Possessive Pronouns

    His, its, hers, theirs, yours, ours, et dont are possessive pronouns they don't contain apostrophes. C'est is not a possessive pronoun it's a contraction of il est.

    The book's end is better than its beginning.
    mais
    It's kind of you to ask.

    Names Ending in S

    The possessive is formed with an additional s.

    Dylan Thomas's poetry
    the Ganges's source

    Colon

    The colon is often used to introduce a list or series. However, it's redundant to use a colon directly after such verbs as sommes et comprendre.

    Three types of examinations are offered: oral, take‑home, and in-class.
    mais
    The course offerings include Spanish, marine biology, and medieval history.

    Comma

    Use commas to separate all the items in a series of three or more ending in et ou ou.

    The university awards bachelor's, master's, and doctoral degrees.
    The Department of German and Scandinavian offers courses in Danish, Finnish, Norwegian, and Swedish as well as in German.

    The following example may appear to be an exception, but it isn't because there are only two items in the series: (1) planning, (2) public policy and (public) management.

    Department of Planning, Public Policy and Management

    Dashes—Em and En

    Dashes aren't hyphens. The em dash (—) is longer than a hyphen and indicates a break in the syntax of a sentence.

    Of the three grading options—graded only, pass/no pass only, either graded or pass/no pass—the last option is the default.

    The en dash (–) is half as long as an em dash. Use an en dash to indicate continuing or inclusive numbers in dates, times, or reference numbers.

    2002–3
    50 BC–AD 45
    10:00 a.m.–5:00 p.m.
    pp. 12–28

    The en dash sometimes replaces a hyphen for clarification.

    post–Civil War
    a hospital–nursing home connection

    Use an em dash when attributing a quote.

    "You can never be overdressed or overeducated." —Oscar Wilde

    Diacritical Marks

    Words in other languages, and even a few adopted into English, sometimes have special marks above or beneath certain letters that provide help in pronunciation or meaning. Following are six of the most common diacritical marks used in Romance and Germanic languages when they are written in the same Latin alphabet we use in English. All except the cedilla can be used with letters besides the ones in the examples. When in doubt, use English.

    Nom marque Exemple Sens
    acute accent é Renée a name (French)
    grave accent è après 'after'
    dieresis or umlaut ü München 'Munich' (German)
    circumflex ê fête 'festival' (French)
    tilde ñ año 'year' (Spanish)
    cedilla ç reçu 'received' (French)

    Ditto Marks

    Ellipses

    Use ellipses (using three spaced periods, not a single-glyph three-dot ellipsis character) sparingly and only as specified below—not as a substitution for "etc." or as a design cliché. In the following examples, ellipses replace words in the original sentences without distorting their meaning.

    original sentence:
    The newspaper reporter, known worldwide for her frontline reporting, has received many awards for her war correspondence.

    with ellipsis:
    The newspaper reporter . . . has received many awards for her war correspondence.

    original sentences:
    The photojournalist barely escaped a falling timber as he stood under a tree, trying to show the forest fire from a fighter's perspective. His injuries left him shaken, though he was elated to capture the dangers of firefighting on film.

    with ellipsis:
    The photojournalist barely escaped a falling timber . . . though he was elated to capture the dangers of firefighting on film.

    In quoted speech or conversation, faltering speech may be indicated by an ellipsis.

    Exclamation Point

    Overuse of the exclamation point imparts an adolescent quality to most writing. Use it sparingly to express surprise, disbelief, or other strong emotion. To quote F. Scott Fitzgerald, "An exclamation mark is like laughing at your own joke." For additional guidance, consult this handy chart from Hubspot.

    Hyphen

    Compound adjectives should be hyphenated to eliminate ambiguity of meaning. Otherwise, leave open.

    first class mail
    $2 million grant
    mais
    study-abroad programs
    fast-sailing ship
    work-study student

    Adverbs ending in -ly followed by an adjective aren't hyphenated.

    Use a hyphen to distinguish confusing pairs of words.

    recreation (but re-creation)
    refund (but re-fund)

    Use a hyphen after complet ou bien when it's used in a compound modifier immediately before a noun, unless the word itself is modified.

    a full-page advertisement
    a well-known professor
    mais
    a very well known professor

    Don't use a hyphen when the modifier is in other positions in the sentence.

    She works full time.
    Although well known, the landmark is rarely visited.

    The prefixes anti, co, post, pre, non, multi, et generally don't require a hyphen unless followed by a proper noun. See also Dashes—Em and En.

    antinuclear
    codirector
    postdoctoral
    premajor
    nonmajor
    multidisciplinary
    reconsidérer
    mais
    post-Renaissance
    non-English

    Use a hyphen when using pro- to coin a word indicating support (e.g., pro-feminist).

    Après requires a hyphen when used to form a compound adjective but not when it's part of a compound noun.

    after-dinner speech
    mais
    afterglow and afternoon

    Hyphenate an age when used as an adjective, even if the noun the adjective modifies is only implied rather than stated.

    the five-year-old program
    The five-year-old [child] attended kindergarten.

    Hyphenate adjectives used to define measures.

    the seven-foot-one center of the Los Angeles Lakers

    Hyphenate the noun coopérative when abbreviating coopérative, but don't hyphenate cooperate, coordinate, ou coeducational.

    Don't use a hyphen in a compound noun with vice:

    vice chancellor
    vice-président
    vice provost

    Hyphenate the construction student-athlete.

    For further examples, refer to The Chicago Manual of Style's hyphenation guide.

    Italics

    Italics are used for titles of books, genera and species, long plays, periodicals, movies, newspapers, operas and other long musical compositions, ships, and works of art. Titles of television and radio series are italicized, but titles of individual episodes are placed in quotation marks.

    Woolf's Vers le phare
    Bizet's Carmen
    O'Keeffe's Cow's Skull, Red, White, and Blue
    Shaw's Major Barbara
    Wertmuller's Seven Beauties
    National Public Radio's All Things Considered
    mais
    "Eye of the Beholder," Rod Serling's classic episode of The Twilight Zone, is regarded by many fans as a high point for the series.

    Some musical compositions are known by their generic titles—symphony, quartet, nocturne—and often a number or key or both. Such names are capitalized but not italicized. For example, Beethoven's Piano Sonata No. 14 in C-sharp minor, Op. 25, would not be italicized however, its nongeneric subtitle, Sonate au clair de lune, would.

    The titles of university courses follow the standard rules for capitalization of the titles of works they are neither italicized nor placed in quotation marks.

    Introduction to Biological Anthropology (ANTH 270) has no prerequisite.

    Italics are also used for unfamiliar foreign words. Words that were originally borrowed from another language but have been permanently added to the English lexicon (i.e., if they're in an English dictionary) should not be italicized.

    samizdat ‘underground'
    asperge ‘asparagus'
    mais
    glasnost
    hors d'oeuvres (no ligature between o et e)

    Use specific, concrete language rather than italics, capitals, or quotation marks for emphasis.

    This committee consists of two, not three, people.
    ne pas
    This committee is composed of deux (2) people.

    Parenthèses

    Use parentheses for enumeration within the text as follows:

    (1) carbohydrates, (2) fat, (3) protein, (4) vitamins

    For enumeration with periods, see also Numbers.

    Parentheses sometimes enclose brief explanatory abbreviations.

    McKenzie Hall (formerly the Law Center) houses offices for the College of Arts and Sciences.
    The writing requirement for a bachelor's degree is College Composition I (WR 121) and either College Composition II or III (WR 122 or 123).

    Punctuation in Lists

    When the items in a list are sentence fragments, no ending punctuation is necessary. When the items form complete sentences, a punctuation mark, usually a period or semicolon, may be used at their terminus.

    date de réception
    ou
    Placement is dependent on the date the application is received.

    The style chosen for the list should be consistent. Do not mix and match sentence fragments and complete sentences within a list.

    Quotation Marks

    Use double quotation marks before and after direct quotations as well as titles of interviews, personal correspondence, short poems and plays, short musical compositions, speeches, individual television or radio programs, and other unpublished writing.

    The poem is titled "If."
    "Freedom of the Free Press" was the title of her lecture.

    Use single quotation marks for quotations within quotations.

    I said, "You must know who shouted, ‘Eureka! I've found it!'"

    Put a period or comma inside the ending quotation mark.

    Professor Ogard's newly published article is "China in Transition."
    Caldwell's lecture, "Death and Life in American Law," is at 7:30 p.m. in 129 McKenzie Hall.

    Put an exclamation point, question mark, or semicolon inside the ending quotation mark only if it's part of the quotation.

    "Who's on First?" is one of Abbott and Costello's classic comedy routines.

    Put an exclamation point, question mark, or semicolon outside the ending quotation mark if it isn't part of the quotation.

    Are you going to read "China in Transition"?

    Don't use quotation marks after the word so-called. It's redundant.

    The so-called transient (not "transient") was a college student.

    Use quotation marks around unusual, technical, ironic, or slang words or phrases not accompanied by a word calling attention to them. Use this device sparingly, and on first use only.

    The "transient" was a college student.
    Thousands of dollars were raised in support of the Interior Architecture Program's "daylighting" research.

    Solidus (Slash)

    The solidus (also known as the sabrer ou virgule) is overused and frequently ambiguous. Too often, the relationship between the items joined by a solidus is unclear. Does it mean and, either . ou, or does it simply link two closely related words?

    As defined by The American Heritage Dictionary of the English Language, the solidus is used to separate alternatives, such as et/ou. It is appropriate, then, to use the solidus in pass/no pass ou en P/N. In most other cases, try to use words instead of the solidus.

    faculty or staff member (not faculty/staff)

    Use a hyphen instead of a solidus to link two words.

    middle-secondary education (not middle/secondary)

    If space limitations make it necessary to use a solidus, explain clearly what it means.

    Courses numbered 4XX/5XX are for seniors and graduate students, respectively. Although undergraduates and graduates share the same classroom, graduate students are required to do more work, are evaluated according to a tougher grading standard, or both.

    Use the solidus with a space on either side to separate two lines of poetry quoted in the text.

    In "Song of the Open Road," Ogden Nash wrote, "I think that I shall never see / A billboard lovely as a tree."


    Molecular Analysis of the Growth Hormone Secretagogue Receptor

    Andrew D. Howard , . Scott D. Feighner , in Growth Hormone Secretagogues , 1999

    Database Mining

    Genbank databases were monitored daily using the Tblastn program ( 27 ) with amino acid sequence from the human GHS-R TM domains 6-7 (residues 265-366). Two significant “hits” were detected. A mouse EST derived from a T-cell library was identified with a significant homology score (63% DNA, 36% amino acid sequence identity) to the 3’ end of the gene for the human GHS-R. Full length cDNA were then obtained for both the mouse and human forms ( 28 ). The human and murine FM-3 exhibit strong protein sequence identity (73%). In addition, a cosmid clone (K10B4) from the worm C. elegans contains an open reading frame encoding a full-length GPC-R with strongest protein sequence identity to the human GHS-R (

    29%). The open reading frame is contained on five exons.


    Introduction to Phylogeny:How to Interpret Cladograms

    W elcome to the online Cladogram Exercise 1 Web site. This online assignment will help you get more comfortable with cladograms. They are not as confusing as you probably thought they were. After completing the following steps, you will be on your way. Your feedback is valuable and encouraged.

    C ladogram Terminology: Start with some basic definitions of terms such as nœud et branche.

    S ister Taxa: Learn what a sister taxon is and why recognizing them will help you with all of the following steps.

    C ladogram Styles: Examples of the same cladogram drawn in different styles and orientation.

    R otate at a Node: Are the two cladograms identical, merely rotated at nodes, or are they different topologies?

    P olytomies: Are they "hard" or "soft" and how do they relate to strict consensus estimates?

    ASSIGNMENT PRINTING INSTRUCTIONS (OPTIONAL)

    1. If you want to conserve paper you can first reduce the scale after selecting Page Setup du Déposer menu.
    2. Sélectionner Print du Déposer menu.
    3. Saving the assignment to disk will not help because the resulting ASCII (text only) file will lack the tree graphics.
    4. Printing this assignment will not automatically print other Web pages of on-line interactive help for provided sample questions. If you have limited time, first complete the sample questions and you can separately print the (correct) answer pages if you want.
    5. E-mail to Prof. Eernisse at deernisse at fullerton dot edu if you find problems with these instructions or the links (remember to include your name and email address).

    BASIC CLADOGRAM TERMINOLOGY:
    Use the following labeled Cladogram Example to illustrate the following cladogram terminology, and then use both to answer the questions below.

    UNE nœud corresponds to a hypothetical ancestor. UNE terminal node is the hypothetical last common ancestral interbreeding population of the taxon labeled at a tip of the cladogram. Un internal node is the hypothetical last common ancestral population that speciated (i.e., split) to give rise to two or more daughter taxa, which are thus sister taxon to each other.

    Each internal node is also at the base of a clade, which includes the common ancestral population (node) plus all its descendents. For example, the clade that includes both Taxon 2 et Taxon 3 is hypothesized, in this cladogram, to include their shared ancestor (actually, an interbreeding population of organisms) at internal node C and everything it gave rise to (in this case, Taxon 2 et Taxon 3). Likewise, the clade that includes all four terminal nodes and their most recently shared common ancestor originates at node A and includes all its descendents (i.e., everything to the right of node A).

    Node A is termed the racine of the cladogram because it is at the base of the cladogram. As in this case, the root is normally drawn with a dangling branch extending earlier (to the left in this case) of the root to indicate that this clade also is part of other more inclusive clades of living organisms, originating from even earlier ancestral populations. Eventually, this dangling connection would lead clear back to the ancestor of all of life. You can think about this cladogram as the hypothesis of what branching events happened since the moment in time when the ancestral population at node A first speciated, that is, split from one into two (in this case) species. Later in time, there were further splits, resulting in new clades that are hierarchically nested within the original clade. In particular, the clade arising from the ancestral population at node B originated later than the one arising from the original ancestral population at node A. The clade arising from the ancestral population at node B est hierarchically nested within the clade arising from node A. To use an example, mammals are nested hierarchically within the clade of all vertebrate animals. The common ancestor of all vertebrates lived before the common ancestor for all mammals. There are vertebrates that are not mammals, but all mammals are vertebrates. Mammals are a particular subgroup or part of the whole vertebrate clade.

    There are four terminal nodes in this example. These include members of the ingroup: Taxon 1, Taxon 2, et Taxon 3, et un seul outgroup taxon. The clade arising from node B includes all three ingroup taxa. The purpose of a cladogram is to express a particular hypothesis for the relative branching order of the ingroup taxa. This cladogram example suggests that Taxon 2 et Taxon 3 more recently shared a common ancestor than either does with Taxon 1. While this hypothesis implies that the ancestral population at node B lived before the ancestral population at node C, it does not stipulate how much earlier it lived. In other words, the cladogram is only a hypothesis of the relative order of branching it does not indicate how much absolute time past between branching events.

    You should be able to find a clade originating from each internal node in this particular cladogram example. A helpful way to think about which groupings of terminal nodes are clades, in a particular cladogram, is the snip rule. Whenever you "snip" a branch directly beneath an internal node, a clade falls off. The three such clades here are:
    Taxon 2 + Taxon 3
    Taxon 1 + (Taxon 2 + Taxon 3)
    and Outgroup + (Taxon 1 + (Taxon 2 + Taxon 3)).
    In contrast, a grouping of Taxon 1 et Taxon 2 sans pour autant Taxon 3 est ne pas a clade, according to this cladogram hypothesis, because there is no way to snip off the first two without Taxon 3 also falling off.

    The use of parentheses above helped to more concisely indicate sister taxon associations within a clade. This reflects an accepted standard to specify a cladogram hypothesis with nested parentheses. Using this convention, the example cladogram can be unambiguously stated as:
    (outgroup (Taxon 1 (Taxon 2, Taxon 3)))
    Can you draw the following alternative cladogram hypotheses?:
    (outgroup (Taxon 3 (Taxon 1, Taxon 2)))
    (outgroup (Taxon 2 (Taxon 1, Taxon 3)))

    This website development began on August 27, 2000 and was last modified on February 24, 2004.


    Voir la vidéo: Multiple Sequence Alignment and Phylogeny - ClustalW (Décembre 2022).