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Conversion miRNA_ID en GENE_SYMBOL

Conversion miRNA_ID en GENE_SYMBOL


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J'ai une liste d'identifiants de miARN et une liste d'identifiants d'ARNm et ils proviennent de Mus musculus espèce. J'ai converti la liste des identifiants d'ARNm en symboles de gènes par une liste de données qui existaient dans NCBI et la liste d'identifiants de miARN en symboles de gènes à l'aide de Diana, mais j'ai eu des problèmes car les symboles de gènes sur NCBI ne correspondaient pas aux symboles de gènes existants sur le site Diana. Je pense que le problème est que la dénomination des symboles génétiques ne suit pas une règle spécifique dans différentes bases de données et ne sont pas standardisées. Quelqu'un peut-il me dire un bon moyen de transformer les listes d'ARNm et de miARN en une plate-forme, par exemple unigene, qui serait unique dans toutes sortes de bases de données ?


Pour les noms de gènes de souris et d'autres détails, vous devez vous référer à la base de données informatique du génome de la souris (il s'agit d'une base de données standard spécifique à un organisme comme flybase [Drosophila], SGD [levure], etc.).

Cependant, il est préférable de travailler avec des ID RefSeq. De plus, les miARN sont rarement mentionnés, en utilisant leurs noms de gènes. Respectez toujours la convention de nommage des miARN décrite dans miRbase.

Je ne suis pas sûr de ce qui vous intéresse réellement. Si vous avez l'intention de cartographier les miARN sur leurs cibles, vous pouvez utiliser l'un des noms de gènes standard avec l'ID RefSeq. Si vous utilisez miRanda ou TargetScan pour prédire les cibles, ces programmes renvoient différents identifiants pour le gène cible, y compris son nom de gène officiel.

En général, pour la conversion d'ID, je préférerais BioMart.


Voir la vidéo: Participación de microRNA en cáncer (Septembre 2022).


Commentaires:

  1. Rich

    Je pense que vous n'avez pas raison. je suis assuré. Discutons.

  2. Kagagor

    Bravo, il me semble, est une phrase remarquable

  3. Mann

    Je crois que vous vous trompez. Je suis sûr. Je propose d'en discuter. Envoyez-moi un courriel à PM, nous parlerons.

  4. Shalar

    Le blog est super, je le recommande à des amis !

  5. Hermes

    À mon avis, le sujet est très intéressant. J'invite tout le monde à participer activement à la discussion.

  6. Bart

    Je pense, qu'est-ce que c'est une bonne idée.

  7. JoJolar

    Je partage pleinement votre opinion. Il y a quelque chose dans ce domaine et une excellente idée, je suis d'accord avec vous.



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